Textos, slides e material suplementar, por tema de aula.

O material suplementar não é uma lista completa de tópicos ou literatura sobre o assunto, mas uma coletânea parcial, pessoal e passional feita pelos professores.

À medida que a disciplina avança, incluiremos referências para artigos, livros, pessoas e sites que se mostrem importantes nas discussões e aulas teóricas.

<WRAP important round> Para cada tema há os seguintes textos:

• Introdutórios: leitura obrigatória antes da primeira aula de cada tema, seja discussão, seja exercício.
• Para Discussão: leitura obrigatória antes das aulas de discussão sobre cada tema.
• Suplementares: leitura opcional, para aprofundar-se no tema.

</WRAP>

• Werner, E.E. 1998. Ecological experiments and a research program in community ecology. pp 3-27 In: Resetarits B. & J. Bernardo. Experimental ecology: issues and perspectives. Oxford University Press.

• Roughgarden J. 2009. Is there a general theory of community ecology? Biology and Philosophy 224:521–529

• Slides aula - 2011: pdf
• Slides da aula - 2010: pdf
• Slides da aula - 2009: pdf

• A filosofia da disciplina está no primeiro capítulo deste livro:
  • Vitek, W., & Jackson, W. eds, (2008). The virtues of ignorance: complexity, sustainability, and the limits of knowledge.
• Outros artigos sobre as diferentes vertentes na ecologia de comunidades:
  • El-Hani, C.N. 2006. Generalizações Ecológicas. Oecologia Australis 10 (1). Uma revisão abrangente e profunda sobre o estado da teoria em ecologia, feita por um biólogo com sólida formação em filosofia da ciência.
  • Austin, M.P. 1999. A silent clash of paradigms: some inconsistencies in community ecology. Oikos 86: 170-179.
  • O texto de Simon Levin sobre padrão, escala e nível de organização em ecologia:The Problem of Pattern and Scale in Ecology. Ecology 73(6):1943-1967.

• Site do grupo de pesquisa
• Vídeo de entrevista sobre matemática na biologia.

• Schoener, T.W. Ecological niche. Cap. I.1. The Princeton Guide to Ecology.

• Connell J.H. 1961. The influence of interspecific competition and other factors on the distribution of the barnacle Chthamalus stellatus. Ecology 42(4): 710-723.

• Hoogenboom M.O., Connolly, S.R. 2009. Defining fundamental niche dimensions of corals: synergistic effects of colony size, light, and flow. Ecology 90(3):767-780.

• Aula 2011 - nicho e competição: pdf
• Aula 2010 - competição: pdf.
• Aula 2010 - nicho pdf

• A referência básica sobre o assunto: Jonathan M. Chase and Mathew A. Leibold, 2003. Ecological Niches: Linking Classical and Contemporary Approaches. Chicago University Press.
  • site do livro

• O fantasma da competição passada: J.H. Connell, Diversity and the coevolution of competitors, or the ghost of competition past. Oikos 35 (1980), pp. 131–138.

• Processos estabilizadores x diversificadores: Adler P.B., Hillerislambers, J. & Levine, J.M. 2007. A niche for neutrality. Ecology Letters, 10:95-104.

• Grinnell, Joseph. 1917. The niche-relationships of the California Thrasher. The Auk 34:427-433.

• Niche Construction, site dos autores da idéia, com vários links para artigos e para o livro.

• edição especial da PNAS sobre nicho e palestra dos autores.

• Hutchinson, G.E. 1957. Concluding remarks. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology 22: 415–427.

• Hutchinson, G.E. 1959. Homage to Santa Rosalia or Why Are There So Many Kinds of Animals? The American Naturalist 93:145-159.
  • Uma crítica feroz e datada: Lewin, R. 1983. Santa Rosalia was a goat. Science 221: 636-639.

• George Evelyn Hutchinson: 20 th-century ecologist. LB SLOBODKIN, NG SLACK Endeavour 23:11, 24-30, Elsevier Science, 1999 - Inclui a árvore de descendentes intelectuais de Hutchinson.

• Holt, R.D. Predation and community organization. Cap. III.3. The Princeton Guide to Ecology.

• Schmitz O.J. Indirect Effects in Communities and Ecosystems: The Role of Trophic and Nontrophic Interactions. Cap. III.5.

• Paine, R. T. 1966. Food web complexity and species diversity. American Naturalist 100: 65-75.

• Peacor S.D., Werner E.E. 2001. The contribution of trait-mediated indirect effects to the net effects of a predator. PNAS 98: 3904-3908.

• Aula 2011- Predação e estrutura de comunidades: pdf
• Aula 2010 - Interações Indiretas Mediadas pela Densidade: pdf.
• Aula 2010 - Interações Indiretas Mediadas pelos Atributos: pdf.

• Estes J.A. et al. 2011. Trophic Downgrading of Planet Earth. Science 333: 301-306.

• Hipótese do mundo verde: Hairston N G, Smith F E & Slobodkin L B. Community structure, population control, and competition. Amer. Naturalist 94:421-5, 1960.

• Clássico sobre a importância de controle top-down e bottom-up em comunidades de herbívoros:
  • J. H. Lawton and S. McNeill, “Between the devil and the deep blue sea: on the problem of being a herbivore,” in Population Dynamics, R. M. Anderson, B. D. Turner, and L. R. Taylor, Eds., Blackwell Scientific Publications, Oxford, UK, 1979.

• Terborgh J. & Estes J.A. 2010. Trophic Cascades: Predators, Prey, and the Changing Dynamics of Nature. Island Press.

• Nichols et al. 2009. Co-declining mammals and dung beetles: an impending ecological cascade. Oikos 118: 481-487.

• McCann, K. S. The structure and stability of food webs. Cap. III.7. The Princeton Guide to Ecology.

• McCann, K. S. 2000. The diversity-stability debate. Nature, 405(6783), 228-33.

• Yodzis, P. 1980. The connectance of real ecosystems. Nature, 284, 544-545.

• Allesina, S. & Pascual M. 2007. Network structure, predator–prey modules, and stability in large food webs. Theoretical Ecology, 1(1), 55-64.

• May, R.M. 1972. Will a large complex system be stable? Nature, 238, 413-414. O artigo clássico que estabeleceu o conceito de equilíbrio de redes tróficas como solução de um sistema de equações de Lotka-Volterra. Vale apena rastrear as citações na Web of Science.

• May, R.M. 2001. Stability and complexity in model ecosystems. Princeton Univ Press. Nesta influente monografia Robert May desenvolve as idéias do artigo de 1972. A primeira edição é de 1973, e o livro foi re-editado na coleção Princeton Landmarks of Biology em 2001.

• Biografia de Robert May, Barão de Oxford, no site da Oxford University.

• Tregonning, K. & Roberts, A.P. 1979. Complex systems which evolve towards homeostasis. Nature 281: 563-564. Um contraponto subestimado ao artigo clássico a May (1972).

• Tang, S. & Allesina, S. ms. Stability criteria for complex ecosystems. Generalização das condições de equilíbrio deduzidas por May (1972). Versão de trabalho no Arxiv: http://arxiv.org/abs/1105.2071.

• Alonso, D., R. S. Etienne, and A. J. Mckane 2006. The merits of neutral theory. Trends in Ecology & Evolution 21: 451-457.

• Chave, J. Competition, Neutrality, and Community Organization. Cap. III.2.The Princeton Guide to Ecology.

• Hubbell, S.P. 1979. Tree dispersion, abundance, and diversity in a tropical dry forest. Science 203: 1299-1309.

• Harpole, W.S., Tilman, D. 2006. Non-neutral patterns of species abundance in grassland communities. Ecology Letters 9: 15-23.

• Slides da aula 2010

• Kendall, D.G. 1948. On the Generalized “Birth-and-Death” Process. Ann. Math. Statist. 19: 1-15. artigo completo na página do Projeto Euclides.

• Ewens, W. J. (1972). The sampling theory of selectively neutral alleles. Theoretical Population Biology 3 (1), 87-112.

• Caswell, H. 1976. Community structure: a neutral model analysis. Ecological Monographs 46: 327-354.

• Excelente livro básico sobre modelos estocásticos. Há um exemplar na biblioteca do IB. O capítulo 2 cobre os modelos básicos de deriva em populações:
  • Renshaw, E. 1991. Modelling biological populations in space and time Cambridge University Press.

• O livro (referência básica, mas nem sempre didática quanto ao modelo):
  • Hubbell, S.P. (2001). The Unified Neutral Theory of Biodiversity and Biogeography. Princeton University Press.

• Um pacote em R para simulação e ajuste dos modelos de distribuição de espécies previstos pela teoria. A introdução é uma excelente explicação da teoria:
  • Hankin, R. 2007. Introducing untb, an R Package For Simulating Ecological Drift Under the Unified Neutral Theory of Biodiversity. Journal of Statistical Software 22: 12 http://www.jstatsoft.org/v22/i12/.

• Rosindell, J., Hubbell, S. P. & Etienne, R. S. 2011. The Unified Neutral Theory of Biodiversity and Biogeography at Age Ten. Trends in Ecology & Evolution 26:340-348.

• Página na internet

• Uma boa revisão da evidência empírica até a época, com comparações com outros modelos neutros: Brian J. McGill, Brian A. Maurer, Michael D. Weiser (2006) EMPIRICAL EVALUATION OF NEUTRAL THEORY. Ecology: Vol. 87, No. 6, pp. 1411-1423.

• Connell, J. H., 1978. Diversity in tropical rain forests and coral reefs. Science 199: 1302-1310.

• Comentário de Connell sobre o impacto deste artigo, em seu ensaio para a Citation Classics Library da ISI.

• Scheffer, M., van Nes, E. H., April 2006. Self-organized similarity, the evolutionary emergence of groups of similar species. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103 (16), 6230-6235. http://www.pnas.org/content/103/16/6230.long

• Adler P.B., Hillerislambers, J. & Levine, J.M. 2007. A niche for neutrality. Ecology Letters, 10:95-104.

• Gotelli, N.J. 2007 Ecologia. Cap. 7 - Biogeografia de ilhas. Pp. 159-181. Ed. Planta.
• Robert MacArthur & Edward Wilson 1967. The importance of islands. Cap.1 do livro The theory of island biogeography.

• Simberloff, D. & Wilson, E. 1969. Experimental zoogeography of islands: the colonization of empty islands Ecology, Ecology 50: 278-296.

• Kreft, H., Jetz, W., Mutke, J., Kier, G., & Barthlott, W. (2008). Global diversity of island floras from a macroecological perspective. Ecology letters, 11(2), 116-27.

• MacArthur, R.M. & Wilson, E.O. 1967. The theory of island biogeography. Princeton Univ. Press.

• Revisão recente sobre a história e estado da arte da teoria. Essencial para quem quiser se aprofundar:
  • Losos, J. & Ricklefs, R. (Eds.) The Theory of Island Biogeography Revisited. Princenton University Press.

• Leibold. M.A. Spatial and Metacommunity Dynamics in Biodiversity. Cap. III.8. The Princeton Guide to Ecology.

• Logue, J. B., Mouquet, N., Peter, H. & Hillebrand, H. 2011. Empirical approaches to metacommunities: a review and comparison with theory. Trends in Ecology & Evolution, 26(9).

• Warren, P.H. 1996. The effects of between-habitat dispersal rate on protist communities and metacommunities in microcosms at two spatial scales. Oecologia 105: 132–140.

• Venail, P.A. et al. 2008. Diversity and productivity peak at intermediate dispersal rate in evolving metacommunities. Nature 452: 210–215.

• Deriva e dispersão (síntese de biogeografia, dinâmicas neutras e metacomunidades).

• Leibold, M.A. et al. 2004. The metacommunity concept: a framework for multi-scale community ecology. Ecology Letters 7: 601–613.

• Holyoak, M., Leibold, M. A. & Holt, R. D. 2005. Metacommunities: spatial dynamics and ecological communities. University of Chicago Press. Google books. Disponível na biblioteca do IB-USP

• Ricklefs, R. E. 1987. Community diversity: relative roles of local and regional processes. Science 235: 167-171. pdf

• Jenkins D.G. & Ricklefs R.E. 2011. Biogeography and ecology: two views of one world. Phil. Trans. R. Soc. B 366: 2331-2335.pdf

• Cornell H.V. 1985. Local and regional richness of Cynipine gall wasps on California oaks. Ecology 66: 1247-1260.pdf

• Soininen J. et al. 2009. Local–regional diversity relationship varies with spatial scale in lotic diatoms. Journal of Biogeography 36: 720–727.pdf

• aula 2011
• aula 2010
• aula 2009

• Loreau M. 2000. Are communities saturated? On the relationships between alpha, beta and gamma diversity. Ecology Letters 3: 73-76.pdf

• Mittelbach G.G. et al. 2007. Evolution and the latitudinal diversity gradient: speciation, extinction and biogeography. Ecology Letters 10: 315–331.pdf

• Wiens, J.J. & Donoghue, M.J. 2004. Historical biogeography, ecology and species richness. TREE 19: 639-644.PDF

• Wiens J.J. 2011. The niche, biogeography and species interactions. Phil. Trans. R. Soc. B 366: 2336-2350.pdf

• Harrison S. & Cornell H. 2008. Toward a better understanding of the regional causes of local community richness. Ecology Letters 11: 969–979.pdf

• Ricklefs, R.E. 2008. Disintegration of the ecological community. The American Naturalist 172:741-750.pdf

• Brooker, R.W., Callaway, R.M., Cavieres, L., Kikvidze, Z., Lortie, C.J., Michalet, R., Pugnaire, F.I., et al. 2009. Don’t diss integration: a comment on Ricklefs's disintegrating communities. The American naturalist, 174(6), 919-27 pdf

• Ricklefs, R.E. 2009. A Brief Response to Brooker et al.’s Comment. The American Naturalist, 174(6), 928-931. pdf

• Ricklefs R.E. & Jenkins D.G. 2011. Biogeography and ecology: towards the integration of two disciplines. Phil. Trans. R. Soc. B 366: 2438–2448.pdf

• Ricklefs, R.E. & Schluter, D. 1993. Species diversity in ecological communities: historical and geographical perspectives. University of Chicago Press, Chicago.

• Excelente história da teoria ecológica. Há um exemplar na biblioteca do IB. O último capítulo e posfácio abordam a retomada da história em uma ecologia dominada pelos modelos de dinâmica local: Kingsland, S. 1995. Modeling nature-Episodes in the history of population ecology. The Chicago University Press, Chicago.

• Scheffer, M. 2009. Alternative Stable States. In: Critical Transitions in Nature and Society, Chapter II, pp. 11-36, Princenton University Press.pdf

• Blindow I. et al. 1993. Long-term pattern of alternative stable states in two shallow eutrophic lakes. Freshwater Biology 30: 159-167.pdf

• Persson et al. 2007. Culling prey promotes predator recovery — alternative states in a whole-lake experiment. Science 316: 1743-1746.pdf, Supporting online material.

• Aula 2011
• Aula 2010

• Holling C.S. 1973. Resilience and stability of ecological systems. Annu. Rev. Ecol. Syst. 4: 1-23.pdf

• Scheffer, M. 2009. Critical Transitions in Nature and Society. Princeton Univ. Press.

• Scheffer, M. et al. 2001. Catastrophic shifts in ecosystems. Nature 413: 591-596.pdf

• Beisner, B.E. et al. 2003. Alternative stable states in ecology. Front. Ecol. Environ. 1: 376–382.pdf

• Elmqvist et al. 2003. Response diversity, ecosystem change, and resilience. Frontiers in Ecology and Environment1: 488–494.pdf

• Folke, C. et al. 2004. Regime shifts, resilience, and biodiversity in ecosystem management. Annu. Rev. Ecol. Evol. Syst. 35: 557–81.pdf

• Grimm, V. & Wissel, C. 1997. Babel, or the ecological stability discussions: an inventory and analysis of terminology and a guide for avoiding confusion. Oecologia 109: 323–334.pdf

• May, R.M. 1997. Thresholds and breakpoints in ecosystems with a multiplicity of stable states. Nature 269: 471-477.pdf

• Peterson, G. et al. 1998. Ecological Resilience,Biodiversity, and Scale. Ecosystems 1: 6–18. pdf

• Scheffer, M. et al. 2009. Early-warning signals for critical transitions. Nature 461: 53-59.pdf

• Schröder, A. et al. 2005. Direct experimental evidence for alternative stable states: a review. Oikos 110: 3-19.pdf

• van Nes, E.H. & Scheffer, M. 2004. Large species shifts triggered by small forces. Am. Nat. 164: 255-266.pdf

• Walker, B. et al. 2004. Resilience, Adaptability and Transformability in Social–ecological Systems. Ecology and Society 9:5.pdf

• Pardini et al. 2010. Beyond the fragmentation threshold hypothesis: regime shifts in biodiversity across fragmented landscapes.PLoS ONE 5 e13666

• Hirota et al. 2011. Global resilience of tropical forest and savanna to critical transitions. Science 334: 232-235.pdf

• Resilience Alliance web page (http://www.resalliance.org/1.php)

• Vellend, M. 2010. Conceptual synthesis in community ecology. THE QUARTERLY REVIEW OF BIOLOGY 85: 183-206.pdf

• Crítica de Richard Lewontin à ANOVA:
  • O Artigo original: Lewontin, R.C. 1974. The analysis of variance and the analysis of causes. Am. J. Hum. Genet. 26: 400-411 (reprinted in Int J Epidemiol 35:520-525) pdf.
  • Comentários do autor, 32 anos depois: pdf
  • Comentários de outros autores, em seção especial sobre o artigo, no International Journal of Epidemiology.
  • Veja também o livro: Levins, R. & Lewontin, R.C. 1985. The Dialectical Biologist. Cambridge, Harvard University Press.

• Polis, G.A. 1991. Complex trophic interactions in deserts: an empirical critique of food web theory. Am. Nat. 138, 123–155. pdf

• Polis, G.A. 1996. Food Web Complexity and Community Dynamics. The American Nuturalist: 147 :813-846. pdf

• Obituários no NY Times e da Marshall University.

• slides da aula de 2009

• Manly, B.F.J. 2007. Randomization, bootstrap and Monte Carlo methods in biology, third edition. Chapman & Hall/CRC.

• Cody,M.L. & Diamond, J.M. 1975 (Eds). Ecology and evolution of communities. Massachusetts, Belknap Press.

• Strong, D.R., Simberloff, D., Abele, L.G., Thistle, A.B. 1984 (Eds). Ecological communities: conceptual issues and the evidence. Princeton Univ. Press.

• Página na internet, com links para o pacote Ecosim, publicações, incluindo referência básica sobre modelos nulos (de onde veio a figura deste wiki):
  • Gotelli, N.J., and G.R. Graves. 1996. Null Models in Ecology. Smithsonian Institution Press, Washington, DC. pdf.

• Página na internet, com muitos links para artigos, programas, e muito mais, incluindo:

• RangeModel, programa para testar modelos nulos de distribuição geográfica de espécies.

• Lista extensiva de publicações sobre a hipótese do Mid-Domain Effect.

<WRAP right> Nuvem de palavras dos títulos das leituras obrigatórias. Feito com Wordle!</WRAP>