Lista de textos, slides e material suplementar, por tema de aula.

Se você é ou foi aluno da disciplina, auntentique-se para ter acesso á página com os pdfs dos textos.

O material suplementar não é uma lista completa de tópicos ou literatura sobre o assunto, mas uma coletânea parcial, pessoal e passional feita pelos professores.

<WRAP important round> Para cada tema há os seguintes textos:

• Introdutórios: leitura obrigatória antes da primeira aula de cada tema, seja discussão, seja exercício.
• Para Discussão: leitura obrigatória antes das aulas de discussão sobre cada tema.
• Suplementares: leitura opcional, para aprofundar-se no tema.

</WRAP>

• Robert Root-Bernstein, 2008. I don't know. In: de Vitek, W., & Jackson, W. eds. The virtues of ignorance: complexity, sustainability, and the limits of knowledge.

• Werner, E.E. 1998. Ecological experiments and a research program in community ecology. pp 3-27 In: Resetarits B. & J. Bernardo. Experimental ecology: issues and perspectives. Oxford University Press.

• Roughgarden J. 2009. Is there a general theory of community ecology? Biology and Philosophy 224:521–529

• Slides aula 2013

• Levin, S. 1992. The problem of pattern and scale in ecology. Ecology 73:1943-1967.
• Vitek, W., & Jackson, W. eds, (2008). The virtues of ignorance: complexity, sustainability, and the limits of knowledge.
  • A filosofia da disciplina é fortemente influenciada por este livro. Veja o primeiro capítulo para uma introdução, e também o excelente capítulo I don't know de Robert Root-Bernstein.
• Scheiner, S. 2013. The ecological literature, an idea-free distribution. Ecology Letters 16: 1421–1423. Belo editorial sobre a falta de teoria nos artigos de ecologia.
• Outros artigos sobre as diferentes vertentes na ecologia de comunidades:
  • El-Hani, C.N. 2006. Generalizações Ecológicas. Oecologia Australis 10 (1). Uma revisão abrangente e profunda sobre o estado da teoria em ecologia, feita por um biólogo com sólida formação em filosofia da ciência.
  • Austin, M.P. 1999. A silent clash of paradigms: some inconsistencies in community ecology. Oikos 86: 170-179.

• How school kills creativity, uma palestra do educador Ken Robinso no TED.
• Top 10 talks on education at TED, uma seleção de Ken Robinson.

• Site do grupo de pesquisa
• Vídeo de entrevista sobre matemática na biologia. Da ótima série de vídeos do National Institute for Mathematical and Biological Syntesis.

• Schoener, T.W. Ecological niche. Cap. I.1, The Princeton Guide to Ecology.

• Connell J.H. 1961. The influence of interspecific competition and other factors on the distribution of the barnacle Chthamalus stellatus. Ecology 42(4): 710-723.

• Hoogenboom M.O., Connolly, S.R. 2009. Defining fundamental niche dimensions of corals: synergistic effects of colony size, light, and flow. Ecology 90(3):767-780.

• Aula 2010 - competição: pdf.
• Aula 2010 - nicho pdf

• A referência básica sobre o assunto: Jonathan M. Chase and Mathew A. Leibold, 2003. Ecological Niches: Linking Classical and Contemporary Approaches. Chicago University Press.
  • site do livro

• O fantasma da competição passada: J.H. Connell, Diversity and the coevolution of competitors, or the ghost of competition past. Oikos 35 (1980), pp. 131–138.

• Processos estabilizadores x diversificadores: Adler P.B., Hillerislambers, J. & Levine, J.M. 2007. A niche for neutrality. Ecology Letters, 10:95-104.

• Grinnell, Joseph. 1917. The niche-relationships of the California Thrasher. The Auk 34:427-433.

• Niche Construction, site dos autores da idéia, com vários links para artigos e para o livro.

• edição especial da PNAS sobre nicho

• Hutchinson, G.E. 1957. Concluding remarks. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology 22: 415–427.

• Hutchinson, G.E. 1959. Homage to Santa Rosalia or Why Are There So Many Kinds of Animals? The American Naturalist 93:145-159.
  • Uma crítica feroz e datada: Lewin, R. 1983. Santa Rosalia was a goat. Science 221: 636-639.

• George Evelyn Hutchinson: 20 th-century ecologist. LB SLOBODKIN, NG SLACK Endeavour 23:11, 24-30, Elsevier Science, 1999. (Inclui a árvore de descendentes intelectuais de Hutchinson).

• Holt, R.D. Predation and community organization. Cap. III.3, .

• Paine, R. T. 1966. Food web complexity and species diversity. American Naturalist 100: 65-75.

• Peacor S.D., Werner E.E. 2001. The contribution of trait-mediated indirect effects to the net effects of a predator. PNAS 98: 3904-3908

• Aula 2010 - Interações Indiretas Mediadas pela Densidade: pdf.
• Aula 2010 - Interações Indiretas Mediadas pelos Atributos: pdf.

• Schmitz O.J. Indirect Effects in Communities and Ecosystems: The Role of Trophic and Nontrophic Interactions. Cap. III.5, .
• Estes J.A. et al. 2011. Trophic Downgrading of Planet Earth. Science 333: 301-306.

• Hipótese do mundo verde:
  • Hairston N G, Smith F E & Slobodkin L B. Community structure, population control, and competition. Amer. Naturalist 94:421-5, 1960.
  • Sherrat T.M. & Wilikinson D.N. 2009. Why the world is green? Cap.7 in Big Questions in Ecology and Evolution. Ótima revisão, com hipóteses alternativas e boa crítica à ideia original.

• Clássico sobre a importância de controle top-down e bottom-up em comunidades de herbívoros:
  • J. H. Lawton and S. McNeill, “Between the devil and the deep blue sea: on the problem of being a herbivore,” in Population Dynamics, R. M. Anderson, B. D. Turner, and L. R. Taylor, Eds., Blackwell Scientific Publications, Oxford, UK, 1979.

• Terborgh J. & Estes J.A. 2010. Trophic Cascades: Predators, Prey, and the Changing Dynamics of Nature. Island Press.

• Nichols et al. 2009. Co-declining mammals and dung beetles: an impending ecological cascade. Oikos 118: 481-487.

• McCann, K. S. The structure and stability of food webs. Cap. III.7, .

• May, R.M. 1972. Will a large complex system be stable? Nature, 238, 413-414. . O artigo clássico que estabeleceu o conceito de equilíbrio de redes tróficas como solução de um sistema de equações de Lotka-Volterra. Vale apena rastrear as citações na Web of Science.

• May, R.M. 2001. Stability and complexity in model ecosystems. Princeton Univ Press.. Nesta influente monografia Robert May desenvolve as idéias do artigo de 1972. A primeira edição é de 1973, e o livro foi re-editado na coleção Princeton Landmarks of Biology em 2001.

• Biografia de Robert May, Barão de Oxford, no site da Oxford University.

• Tregonning, K. & Roberts, A.P. 1979. Complex systems which evolve towards homeostasis. Nature 281: 563-564.. Um contraponto subestimado ao artigo clássico a May (1972).

• Yodzis, P. 1980. The connectance of real ecosystems. Nature, 284, 544-545 . Um dos testes empíricos clássicos da relação negativa entre estabilidade e diversidade.

• Allesina, S. & Pascual M. 2007. Network structure, predator–prey modules, and stability in large food webs. Theoretical Ecology, 1(1), 55-64.

• Allesina, S. & Tang, S. Stability criteria for complex ecosystems.Nature 483, 205–208. Generalização das condições de equilíbrio deduzidas por May (1972).

• McCann, K. S. 2000. The diversity-stability debate. Nature, 405(6783), 228-33.. Uma abordagem mais abrangente das relações entre complexidade e estabilidade.

• Scheffer, M. 2009. Alternative Stable States. In: Critical Transitions in Nature and Society, Chapter II, pp. 11-36, Princenton University Press.

• Blindow I. et al. 1993. Long-term pattern of alternative stable states in two shallow eutrophic lakes. Freshwater Biology 30: 159-167.

• Persson et al. 2007. Culling prey promotes predator recovery — alternative states in a whole-lake experiment. Science 316: 1743-1746., Supporting online material.

• Aula 2013

• Holling C.S. 1973. Resilience and stability of ecological systems. Annu. Rev. Ecol. Syst. 4: 1-23.

• Scheffer, M. 2009. Critical Transitions in Nature and Society. Princeton Univ. Press.

• Scheffer, M. et al. 2001. Catastrophic shifts in ecosystems. Nature 413: 591-596.

• Beisner, B.E. et al. 2003. Alternative stable states in ecology. Front. Ecol. Environ. 1: 376–382.

• Elmqvist et al. 2003. Response diversity, ecosystem change, and resilience. Frontiers in Ecology and Environment1: 488–494.

• Folke, C. et al. 2004. Regime shifts, resilience, and biodiversity in ecosystem management. Annu. Rev. Ecol. Evol. Syst. 35: 557–81.

• Grimm, V. & Wissel, C. 1997. Babel, or the ecological stability discussions: an inventory and analysis of terminology and a guide for avoiding confusion. Oecologia 109: 323–334.
• Staver et al. 2011. The Global Extent and Determinants of Savanna and Forest as Alternative Biome States.

• May, R.M. 1977. Thresholds and breakpoints in ecosystems with a multiplicity of stable states. Nature 269: 471-477.

• Peterson, G. et al. 1998. Ecological Resilience,Biodiversity, and Scale. Ecosystems 1: 6–18.

• Scheffer, M. et al. 2009. Early-warning signals for critical transitions. Nature 461: 53-59.

• Schröder, A. et al. 2005. Direct experimental evidence for alternative stable states: a review. Oikos 110: 3-19.

• van Nes, E.H. & Scheffer, M. 2004. Large species shifts triggered by small forces. Am. Nat. 164: 255-266.

• Walker, B. et al. 2004. Resilience, Adaptability and Transformability in Social–ecological Systems. Ecology and Society 9:5.

• Pardini et al. 2010. Beyond the fragmentation threshold hypothesis: regime shifts in biodiversity across fragmented landscapes.PLoS ONE 5 e13666

• Hirota et al. 2011. Global resilience of tropical forest and savanna to critical transitions. Science 334: 232-235.

• Resilience Alliance web page (http://www.resalliance.org/1.php)

• E.C. Zeeman, Catastrophe Theory, Scientific American, April 1976; pp. 65–70, 75–83.

• Gotelli, N.J. 2007 Ecologia. Cap. 7 - Biogeografia de ilhas. Pp. 159-181. Ed. Planta. .

• Simberloff, D. & Wilson, E. 1969. Experimental zoogeography of islands: the colonization of empty islands Ecology, Ecology 50: 278-296

• Stracey, M.S. & Pimm, S.L. 2009. Testing island biogeography theory with visitation rates of birds to British islands. Journal of Biogeography 36: 1532–1539.

• MacArthur, R.M. & Wilson, E.O. 1967. The theory of island biogeography. Princeton Univ. Press.
• Revisão recente sobre a história e estado da arte da teoria. Essencial para quem quiser se aprofundar:
  • Losos, J. & Ricklefs, R. (Eds.) The Theory of Island Biogeography Revisited. Princenton University Press.

• Tjørve, E. (2009). Shapes and functions of species–area curves (II): a review of new models and parameterizations. Journal of Biogeography 36: 1435-1445..
• Dengler, J. (2009). Which function describes the species–area relationship best? A review and empirical evaluation. Journal of Biogeography 36, 728–744.

• Alonso, D., R. S. Etienne, and A. J. Mckane 2006. The merits of neutral theory. Trends in Ecology & Evolution 21: 451-457.

• Hubbell, S.P. 1979. Tree dispersion, abundance, and diversity in a tropical dry forest. Science 203: 1299-1309.

• Harpole, W.S., Tilman, D. 2006. Non-neutral patterns of species abundance in grassland communities. Ecology Letters 9: 15-23.

• Slides da aula 2010

• Kendall, D.G. 1948. On the Generalized “Birth-and-Death” Process. Ann. Math. Statist. 19: 1-15. artigo completo na página do Projeto Euclides.

• Ewens, W. J. (1972). The sampling theory of selectively neutral alleles. Theoretical Population Biology 3 (1), 87-112.

• Caswell, H. 1976. Community structure: a neutral model analysis. Ecological Monographs 46: 327-354.

• Excelente livro básico sobre modelos estocásticos. Há um exemplar na biblioteca do IB. O capítulo 2 cobre os modelos básicos de deriva em populações:
  • Renshaw, E. 1991. Modelling biological populations in space and time Cambridge University Press.

• O livro (referência básica, mas nem sempre didática quanto ao modelo):
  • Hubbell, S.P. (2001). The Unified Neutral Theory of Biodiversity and Biogeography. Princeton University Press.

• Um pacote em R para simulação e ajuste dos modelos de distribuição de espécies previstos pela teoria. A introdução é uma excelente explicação da teoria:
  • Hankin, R. 2007. Introducing untb, an R Package For Simulating Ecological Drift Under the Unified Neutral Theory of Biodiversity. Journal of Statistical Software 22: 12 http://www.jstatsoft.org/v22/i12/.

• Rosindell, J., Hubbell, S. P. & Etienne, R. S. 2011. The Unified Neutral Theory of Biodiversity and Biogeography at Age Ten. Trends in Ecology & Evolution 26:340-348. . Ótima revisão sobre o tema e seu impacto.

• Chave, J. Competition, Neutrality, and Community Organization. Cap. III.2, .

• Página na internet
• Blog de Jeremy Fox, para o qual colabora (excelente!)

• Uma boa revisão da evidência empírica até a época, com comparações com outros modelos neutros: Brian J. McGill, Brian A. Maurer, Michael D. Weiser (2006) EMPIRICAL EVALUATION OF NEUTRAL THEORY. Ecology: Vol. 87, No. 6, pp. 1411-1423.

• Connell, J. H., 1978. Diversity in tropical rain forests and coral reefs. Science 199: 1302-1310.
  • Comentário de Connell sobre o impacto deste artigo, em seu ensaio para a Citation Classics Library da ISI.

• Scheffer, M., van Nes, E. H., April 2006. Self-organized similarity, the evolutionary emergence of groups of similar species. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103 (16), 6230-6235. http://www.pnas.org/content/103/16/6230.long

• Adler P.B., Hillerislambers, J. & Levine, J.M. 2007. A niche for neutrality. Ecology Letters, 10:95-104.

• Leibold. M.A. Spatial and Metacommunity Dynamics in Biodiversity. Cap. III.8, .

• Warren, P.H. 1996. The effects of between-habitat dispersal rate on protist communities and metacommunities in microcosms at two spatial scales. Oecologia 105: 132–140.

• Venail, P.A. et al. 2008. Diversity and productivity peak at intermediate dispersal rate in evolving metacommunities. Nature 452: 210–215.

• Deriva e dispersão (síntese de biogeografia, dinâmicas neutras e metacomunidades).

• Leibold, M.A. et al. 2004. The metacommunity concept: a framework for multi-scale community ecology. Ecology Letters 7: 601–613.

• Leibold, M.A. 2011. The metacommunity concept and its theoretical underpinnings. In: Scheiner & Willig (Eds) Theory in Ecology.

• Holyoak, M., Leibold, M. A. & Holt, R. D. 2005. Metacommunities: spatial dynamics and ecological communities. University of Chicago Press. Google books. Disponível na biblioteca do IB-USP

• Logue, J. B., Mouquet, N., Peter, H. & Hillebrand, H. 2011. Empirical approaches to metacommunities: a review and comparison with theory. Trends in Ecology & Evolution, 26(9). . Boa revisão dos principais conceitos e estudos empíricos.

• Amarasekare, P. 2000. The geometry of coexistence. Biol J Linnean Soc 71: 1-31.

• Mouquet N. and Loreau, M. (2003). Community patterns in source-sink metacommunities. American Naturalist, 162: 544-557.

• Ricklefs, R. E. 1987. Community diversity: relative roles of local and regional processes. Science 235: 167-171.

• Cornell H.V. 1985. Local and regional richness of Cynipine gall wasps on California oaks. Ecology 66: 1247-1260.

• Freestone A.L. & Osman R.W. 2011. Latitudinal variation in local interactions and regional enrichment shape patterns of marine community diversity. Ecology, 92: 208–217.

• aula 2012

• Jenkins D.G. & Ricklefs, R.E. 2011. Biogeography and ecology: two views of one world. Special Issue do Phil Trans Royal Soc.

• Gonçalves-Souza, T. et al. 2013. A critical analysis of the ubiquity of linear local–regional richness relationships. Oikos 122: 961–966.

• Harrison S. & Cornell H. 2008. Toward a better understanding of the regional causes of local community richness. Ecology Letters 11: 969–979.

• Kingsland, S. 1995. Modeling nature-Episodes in the history of population ecology. The Chicago University Press, Chicago. Excelente história da teoria ecológica. Há um exemplar na biblioteca do IB. O último capítulo e posfácio abordam a retomada da história em uma ecologia dominada pelos modelos de dinâmica local.

• Loreau M. 2000. Are communities saturated? On the relationships between alpha, beta and gamma diversity. Ecology Letters 3: 73-76.

• Lessard, J.-P., Belmaker, J., Myers, J. a, Chase, J. M., & Rahbek, C. (2012). Inferring local ecological processes amid species pool influences. Trends in ecology & evolution, 27(11), 600–7.

• Mittelbach G.G. et al. 2007. Evolution and the latitudinal diversity gradient: speciation, extinction and biogeography. Ecology Letters 10: 315–331.

• Ricklefs, R.E. 2008. Disintegration of the ecological community. The American Naturalist 172:741-750.
  • Brooker, R.W., Callaway, R.M., Cavieres, L., Kikvidze, Z., Lortie, C.J., Michalet, R., Pugnaire, F.I., et al. 2009. Don’t diss integration: a comment on Ricklefs's disintegrating communities. The American naturalist, 174(6), 919-27
  • Ricklefs, R.E. 2009. A Brief Response to Brooker et al.’s Comment. The American Naturalist, 174(6), 928-931.

• Ricklefs, R.E. & Schluter, D. 1993. Species diversity in ecological communities: historical and geographical perspectives. University of Chicago Press, Chicago.

• Shurin, J.B. 2000. Dispersal limitation, invasion resistance, and the structure of pond zooplankton communities. Ecology 81: 3074–3086.

• Wiens, J.J. & Donoghue, M.J. 2004. Historical biogeography, ecology and species richness. TREE 19: 639-644.

• Wiens J.J. 2011. The niche, biogeography and species interactions. Phil. Trans. R. Soc. B 366: 2336-2350.

• Vellend, M. 2010. Conceptual synthesis in community ecology. The Quaterly Review of Biology 85: 183-206.

• Lawton, J.H. 1999. Are there general laws in ecology? Oikos 84: 177-192
• Simberloff, D. 2004. Community ecology: is it time to move on? The American Naturalist, 163: 787–799.
• El-Hani, C.N. 2006. Generalizações Ecológicas. Oecologia Australis 10 (1). Uma revisão abrangente e profunda sobre o estado da teoria em ecologia, feita por um biólogo com sólida formação em filosofia da ciência.
• How journals like Nature and Science are damaging science: uma crítica de Randy Schekman, pêmio Nobel de medicina.

• Crítica de Richard Lewontin à ANOVA:
  • O Artigo original: Lewontin, R.C. 1974. The analysis of variance and the analysis of causes. Am. J. Hum. Genet. 26: 400-411 (reprinted in Int J Epidemiol 35:520-525) .
  • Comentários do autor, 32 anos depois:
  • Comentários de outros autores, em seção especial sobre o artigo, no International Journal of Epidemiology.
  • Veja também o livro: Levins, R. & Lewontin, R.C. 1985. The Dialectical Biologist. Cambridge, Harvard University Press.

• Polis, G.A. 1991. Complex trophic interactions in deserts: an empirical critique of food web theory. Am. Nat. 138, 123–155.

• Polis, G.A. 1996. Food Web Complexity and Community Dynamics. The American Nuturalist: 147 :813-846.

• Obituários no NY Times .

• slides da aula de 2009

• Manly, B.F.J. 2007. Randomization, bootstrap and Monte Carlo methods in biology, third edition. Chapman & Hall/CRC.

• Cody,M.L. & Diamond, J.M. 1975 (Eds). Ecology and evolution of communities. Massachusetts, Belknap Press.

• Strong, D.R., Simberloff, D., Abele, L.G., Thistle, A.B. 1984 (Eds). Ecological communities: conceptual issues and the evidence. Princeton Univ. Press.

• Página na internet, com links para o pacote Ecosim, publicações, incluindo referência básica sobre modelos nulos (de onde veio a figura deste wiki):
  • Gotelli, N.J., and G.R. Graves. 1996. Null Models in Ecology. Smithsonian Institution Press, Washington, DC. pdf.

• Página na internet, com muitos links para artigos, programas, e muito mais, incluindo:

• RangeModel, programa para testar modelos nulos de distribuição geográfica de espécies.

• Lista extensiva de publicações sobre a hipótese do Mid-Domain Effect.

Nuvem de palavras dos títulos das leituras obrigatórias, feita com http://www.wordle.net.