Métodos de captura-recaptura en ecología

Lagartos detectables y crípticos en espacio y tiempo.
Obra de M.C. Escher

Posgrado en Ciencias Biológicas. link
Clave: 60691. Grupo: T636.
Lugar: Instituto de Ecología, UNAM, México.
Fechas: 5-14 abril, 2010.
Instructor: Roberto Munguía-Steyer
Email: rmunguia.steyer@gmail.com
Adscripción: Dpto. Ecologia, IB-USP, Brasil.
Programa del curso y bibliografía. pdf

Los tutoriales representan un complemento al aprendizaje práctico del uso del programa de MARK que realizaremos en las sesiones de laboratorio. Los tutoriales servirán como introducción teórica a los procesos biológicos y de detección que inciden en la composición de la historias de encuentro de los animales que marcamos y eventualmente recapturamos. Las historias de encuentros son típicamente cadenas de ceros y unos formadas a partir de los datos colectados en el campo durante las sesiones de captura-recaptura de la población animal de interés.

Los tutoriales comprenden tanto revisión de conceptos, el código usado en la simulación y estimación los parámetros de abundancia, supervivencia y detectabilidad mediante el uso del lenguaje de programación R, así como los resultados y gráficos generados a partir de ese código. Todos los tutoriales incluyen dos archivos: el pdf y el código en R utilizado en en cada tutorial.

1. Probabilidad y máxima verosimilitud. pdf código
2. Estimación de la abundancia y su relación con la distribución multinomial. pdf código
3. Abundancia y la heterogeneidad en las tasas de recaptura. pdf código
4. Análisis de supervivencia de individuos con destino conocido. pdf código
5. Análisis de supervivencia de individuos con destino desconocido. pdfcódigo
6. Código en R de los tutoriales con extensión R en un archivo comprimido. Scripts

Prácticas

El programa MARK será utilizado en todas las prácticas y sesiones de laboratorio. MARK representará la herramienta básica de trabajo. Sin embargo, para poder cotejar y comprobar los resultados de los tutoriales por cuenta propia es recomendable instalar R y el paquete de R llamado Rcapture, especializado en los análisis de abundancia y supervivencia bajo ese lenguaje de programación. El tutorial relativo a los métodos de supervivencia hace uso del programa WinBUGS y R2WinBUGS que es un paquete de R, aunque el foco del tutorial es explicar la interacción de los procesos de supervivencia y detección y cotejar los valores de los parámetros simulados y estimados usando MARK. Asimismo para realizar las pruebas de bondad de ajuste en los modelos de supervivencia (CJS, multiestados y edad) utilizaremos el programa U-CARE.

• Programa MARK.
• Lenguaje de programación R y el paquete Rcapture que corre en R.
• Programa WinBUGS y el paquete R2WinBUGS que corre en R.
• Programa U-CARE.

• Foro de dudas sobre la implementación de modelos en MARK. link
• Manual escrito por Evan Cooch & Gary White sobre el uso de MARK. link
• Página de David Anderson. link
• Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Francia. Página de Jean-Dominique Lebreton. link
• USGS Patuxent Wildlife Research Center, Estados Unidos. Página de Andrew Royle. link