Em geral, a precipitação média anual fica entre 1200 e 1800 mm. Ao contrário da temperatura, a precipitação média mensal apresenta uma grande estacionalidade, concentrando-se nos meses de primavera e verão (outubro a março), que é a estação chuvosa. Curtos períodos de seca, chamados de veranicos, podem ocorrer em meio a esta estação, criando sérios problemas para a agricultura. No período de maio a setembro os índices pluviométricos mensais reduzem-se bastante, podendo chegar a zero.

Disto resulta uma estação seca de 3 a 5 meses de duração. No início deste período a ocorrência de nevoeiros é comum nas primeiras horas das manhãs, formando-se grande quantidade de orvalho sobre as plantas e umidecendo o solo. Já no período da tarde os índices de umidade relativa do ar caem bastante, podendo baixar a valores próximos a 15%, principalmente nos meses de julho e agosto.

Água parece não ser um fator limitante para a vegetação do cerrado, particularmente para o seu estrato arbóreo-arbustivo. Como estas plantas possuem raízes pivotantes profundas, que chegam a 10, 15, 20 metros de profundidade, atingindo camadas de solo permanentemente úmidas, mesmo na sêca, elas dispõem sempre de algum abastecimento hídrico. No período de estiagem, o solo se desseca realmente, mas apenas em sua parte superficial ( 1,5 a 2 metros de profundidade). Consequência disto é a deficiência hídrica apresentada pelo estrato herbáceo-subarbustivo, cuja parte epigéia se desseca e morre, embora suas partes hipogéias se mantenham vivas, resistindo sob a terra às agruras da sêca. Vários experimentos já demonstraram que, mesmo durante a sêca, as folhas das árvores perdem razoáveis quantidades de água por transpiração, evidenciando sua disponibilidade nas camadas profundas do solo. Muitas espécies arbóreas de cerrado florescem em plena estação seca como o ipê-amarelo, demonstrando o mesmo fato. A maior evidência de que água não é o fator limitante do crescimento e produção do estrato arbóreo-arbustivo do cerrado é o fato de aí encontrarmos extensas plantações de Eucalyptus, crescendo e produzindo plenamente, sem necessidade de irrigação. Outras espécies cultivadas em cerrado, como mangueiras, abacateiros, cana-de-açúcar, laranjeiras etc, fazem o mesmo. A termoperiodicidade diária e estacional parece ser um fator de certa importância para a vegetação do cerrado, particularmente para o estrato herbáceo-subarbustivo. Geadas, todavia, prejudicam bastante as plantas matando suas folhas, que logo secam e caem, aumentando em muito a serapilheira e o risco de incêndios.

Ventos fortes e constantes não são uma característica geral do Domínio do Cerrado. Normalmente a atmosfera é calma e o ar fica muitas vezes quase parado. Em agosto costumam ocorrer algumas ventanias, levantando poeira e cinzas de queimadas a grandes alturas, através de redemoinhos que se podem ver de longe. Às vezes elas podem ser tão fortes que até mesmo grossos galhos são arrancados das árvores e atirados à distância.

A radiação solar no Domínio do Cerrado é geralmente bastante intensa, podendo reduzir-se devido à alta nebulosidade, nos meses excessivamente chuvosos do verão. Por esta possível razão, em certos anos, outubro costuma ser mais quente do que dezembro ou janeiro. Como o inverno é seco, quase sem nuvens, e as latitudes são relativamente pequenas, a radiação solar nesta época também é intensa, aquecendo bem as horas do meio do dia. Em agosto-setembro esta intensidade pode reduzir-se um pouco em virtude da abundância de névoa seca produzida pelos incêndios e queimadas da vegetação, tão freqüentes neste período do ano.

Por estas características de clima, o Domínio do Cerrado faz parte do Zonobioma II, na classificação de Heinrich Walter.