Seminários: Teoria, Modelos e Simulações

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“Whoever wants to portray something that does not exist has to obey certain rules.”

M.C. Escher


Depto de Ecologia do IB-USP, sala 250 ou sala de Seminários.

2014

Segundo Semestre: Evelyn Keller

Evelyn Keller é autora de uma análise profunda e rigorosa sobre as diferenças entre ciências exatas e biológicas. Para ela, são culturas epistemológicas radicalmente diferentes, cujo diálogo traz oportunidades tão grandes como riscos.

Ela desenvolve esta tese usando a história das teorias de embriogênese e biogênese no livro Making sense of life. Neste semestre vamos discutir alguns dos capítulos deste livro.

Programação

  • 18/09: Prefácio, introdução e introdução da parte 1
  • 16/10: capítulo 1
  • 30/10: capítulo 2
  • 13/11: capítulo 3
  • 27/11: introdução à parte III e capítulo 8

Primeiro Semestre: Clássicos da Ecologia

Leitura e discussão de artigos clássicos da teoria ecológica.

Os artigos fazem parte da coletânea Foundations of Ecology: classic papers with commentaries - Leslie Real & James Brown, Chicago Univ Press.

As reuniões ocorrerão das 11:30 as 12:30 em geral às quintas, na sala de seminários do depto de Ecologia (250) seguidas de LET's lunch!

Programação

  • 20/03 - Nature and Structure of the Climax. FE Clements - Journal of Ecology, 1936.
  • 31/03 (segunda-feira) - The Individualistic Concept of the Plant Association. HA Gleason - Bulletin of the Torrey Botanical Club, 1926.
  • 10/04 - Concluding Remarks: Animal Ecology and Demography. GE Hutchinson Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1957
  • 30/04 - NÃO OCORREU
  • 13/05 (terça-feira) The Population Consequences of Life History Phenomena. LC Cole - Quarterly Review of Biology, 1954.
  • 29/05 - On Optimal Use of a Patchy Environment. RH MacArthur, ER Pianka - American Naturalist, 1966.
  • 11/06 (quarta-feira) - Homage to Santa Rosalia; or, Why Are There So Many Kinds of Animals? GE Hutchinson - American naturalist, 1959.
  • 14/08 - Community Structure, Population Control, and Competition. NG Hairston, FE Smith, LB Slobodkin - American Naturalist, 1960.
  • 28/08 - Butterflies and Plants: A Study in Coevolution. PR Ehrlich, PH Raven - Evolution, 1964.

2013

Primeiro Semestre

Leitura e discussão de capítulos selecionados do livro Big questions in ecology and evolution - Thomas Sherratt & David Wilkinson, alternado com O que aprendi, nova proposta do LET em que seus integrantes compartilham conhecimento sobre ferramentas bacanas de análise de dados.

As reuniões ocorrerão às quintas das 11:30 as 12:30, na sala de seminários do depto de Ecologia (250) seguidas de LET's lunch!

Programação

  • 22/03 - Capítulo 1: Why do we age?
  • 27/03 - O que aprendi: Modelos Generalizados Lineares com filogenia, por Sara Mortara
  • 04/04 - Capítulo 2: Why sex?
  • 11/04 - O que aprendi: análise de sobrevivência, Por Marcelo “D2” Awade.
  • 18/04 Extra: 10h30 O que aprendi: Modelos Generalizados Lineares com filogenia, Sara Mortara
  • 18/04 - Capítulo 3: Why cooperate?
  • 25/04 - O que aprendi: pacote em R para modelos de distribuição de abundância de espécies, por Paulo Inácio
  • 02/05 - Capítulo 4: Why species?
  • 09/05 - O que aprendi: modelos populacionais multi-estados, por Leonardo Wedekin
  • 16/05 - LETiro
  • 23/05 - O que aprendi: Modelos HOF para análises de respostas não-monotônicas, por Gabriel Laporta
  • 06/06 - Capítulo 5: Why are the tropics so diverse?
  • 13/06 - O que aprendi: meta-análise, por Camila Castanho
  • 20/06 - Capítulo 6: Is nature chaotic?
  • 27/06 - O que aprendi: normalização de dados, por André Chalom

2012

Segundo Semestre

Leitura e discussão de capítulos selecionados do livro The theory of Ecology, Scheinner & Willing.

Programação

Quintas das 11h00 às 12h30, seguida de LET's lunch!

  • 16/08, 11:00h: Capítulos 1 e 3 - A general theory of ecology e A general and unifying theory of ecology
  • 30/08, 11:00h: Capítulo 2 - Theory makes ecology evolve
  • 13/09, 11:00h: Capítulo 4 - Foraging theory
  • 27/09, 11:00h: Capítulo 5 - Ecological niche theory
  • 11/10, 11:00h: Capítulo 8 - The metacommunity concept and its theoretical underpinnings
  • 25/10, 11:00h: Capítulo 11 - Theory of ecosystem ecology
  • 08/11, 11:00h: Capítulo 12 - Perspectives on global change theory
  • 22/11, 11:00h: Capítulo 13 - Ecological gradient theory: a framework for aligning data and models
  • 06/12, 11:00h: Capitulo de síntese: The state of theory in ecology

Primeiro Semestre

Leitura e discussão de artigos científicos.

Os temas dos seminários neste semestre serão divididos em blocos, abordados em dois dias de discussão. Os blocos temáticos têm por assuntos e datas:

  • Facilitação - 01/03 - 15/03
  • Dispersão - 29/03 - 12/04
  • Distribuição Espacial - 26/04 - 10/05
  • Sistemas de acasalamento - 14/06 - 28/06

Objetivos

O objetivo neste semestre é abordar temas variados, alternando um artigo introdutório, seguido de um artigo empírico. O intuito é, além de discutir os artigos propostos, desenvolver em conjunto, a partir de modelos conceituais, modelos matemáticos ou computacionais.

Programação

às quintas das 10h30 às 12h00, seguida de LET's lunch!

Facilitação

  • 01/03: Brooker et al. 2008 Facilitation in plant communities: the past, the present, and the future. Journal of Ecology.
  • 15/03: Travis et al. 2005 The interplay of positive and negative species interactions across an environmental gradient: insights from an individual-based simulation model. Biology Letters.

Dispersão

  • 29/03: Bowler & Benton 2005. Causes and consequences of animal dispersal strategies: relating individual behaviour to spatial dynamics
  • 12/04: Zheng & Ovaskainen 2009. Modelling dispersal with diffusion and habitat selection: Analytical results for highly fragmented landscapes.

Distribuição espacial

  • 17/05: McGill 2011. Measuring the spatial structure of biodiversity. In: Biologycal Diversity, Magurran & McGill.
  • 24/05: Barot et al. 1999. Demography of a savanna palm tree: predictions from comprehensive spatial pattern analyses.

Sistemas de acasalamento

2011

Segundo Semestre

Leitura, discussão e implementação em R das simulações propostas por Wilson (2000).

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Objetivos

  1. Estudo dos modelos propostos em cada capítulo do livro;
  2. Implementar as simulações propostas em C no ambiente R;
  3. Comparar os resultados com os obtidos pelo autor, e com as soluções analíticas.

Programação

  • 23/08, 11h: Capítulo 1 - Introdução: Discussão do texto
  • 06/09, 14h: Capítulo 1 - Introdução: Resultados dos códigos
  • 27/09, 11h: Capítulo 2 - Imigração e emigração: Discussão do texto
  • 04/10, 15h: Capítulo 2 - Imigração e emigração: Resultados dos códigos
  • 18/10, 14h: Capítulo 3 - Nascimentos e mortes logístico: Discussão do texto
  • 01/11, 14h: Capítulo 3 - Nascimentos e mortes logístico: Resultados dos códigos
  • 22/11, 11h: Capítulo 5 - Competição: Discussão do texto
  • 06/12, 14h: Capítulo 5 - Competição: Resultados dos códigos

Simulações

  • Crie um tópico para postar os códigos e resultados das simulações de cada capítulo
  • Para criar novo tópico, que use o botão new blog entry.
  • Discussão de um tópico já existente é feita clicando no link coments.
  • Para ver, editar e comentar um tópico clique em leia mais, com o botão direito, para abrir em uma nova janela ou aba. EM seguida para editar o tópico ou algum comentário, use Editar esta página.

Primeiro semestre

Modelos estocásticos e determinísticos de dinâmica populacional: leitura de Renshaw (1991) e simulação em R dos algoritmos propostos por este autor.

Programação

  • 1 de março: Cap. 1 - Introductory remarks de Renshaw (1991)
  • 15 de março: Cap.2, Seção 2.1. The pure birth process de Renshaw (1991)
  • 29 de março: Primeiros resultados das simulações do item 2.1 de Renshaw (1991)
  • 19 de abril: Cap.2, Seção 2.2. The pure death process de Renshaw (1991): discussão e simulações
  • 26 de abril: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): leitura
  • 10 de maio: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): leitura
  • 24 de maio: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): simulações
  • 07 de junho: Cap.2, Seção 2.4. The simple immigration-birth-death process de Renshaw (1991): leitura
  • 31 de junho: Cap.2, Seção 2.4. The simple immigration-birth-death process de Renshaw (1991): simulações

Simulações

  • Crie um tópico para as simulações de cada seminário
  • Para criar novo tópico, que use o botão new blog entry.
  • Discussão de um tópico já existente é feita clicando no link coments.
  • Para ver, editar e comentar um tópico clique em leia mais, com o botão direito, para abrir em uma nova janela ou aba. EM seguida para editar o tópico ou algum comentário, use Editar esta página.
Simple Immigration-Birth-Death Processes

Algumas versões dos códigos, para simular o processo e verificar algumas de suas propriedades.

→ leia mais...

2011/06/14 11:40 · Rodolpho Rodrigues · 0 Comments
Simple birth-death processes

O modelo foi simulado em acordo com a seção 2.3.4 Simulated model (Renshaw 1991, pag. 38), utilizando a função ssa do pacote GillespieSSA.

→ leia mais...

2011/05/10 10:10 · Gabriel Laporta · 1 Comentário
Pure Death Process

Implementações em R dos algoritmo de Renshaw e também do algoritmo de Gillespie, com o pacote GilliespieSSA.

→ leia mais...

2011/04/19 10:13 · Gabriel Laporta · 2 Comentários
Pure Birth Process

Implementação em R do código do Renshaw e outras alternativas, para simular um processo estocástico de nascimentos apenas, e verificar as previsões analíticas do modelo.

→ leia mais...

2011/04/09 23:26 · Paulo Inácio Prado · 0 Comments

Referências

[1991, book]
Renshaw, E. (1991). Modelling biological populations in space and time Cambridge University Press.
[2008, article | www]
Pineda-Krch, M. (2008). GillespieSSA: Implementing the Gillespie Stochastic Simulation Algorithm in R. Journal of Statistical Software, 25(12), 1-18.
[2000, book | www]
Wilson, W. (2000). Simulating ecological and evolutionary systems in C. Cambridge: Cambridge University Press.

atividades/seminarios.txt · Última modificação: 2014/11/10 18:13 por prado
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