====== Métodos de captura-recaptura en ecología ====== {{:escher_lizards.jpg?400}}\\ Lagartos detectables y crípticos en espacio y tiempo. \\ Obra de M.C. Escher ---- === Métodos de captura-recaptura en ecología: Abundancia, supervivencia y dinámicas poblacionales en espacio y tiempo. === ===== Información general del curso===== Posgrado en Ciencias Biológicas. [[http://pcbiol.posgrado.unam.mx/biologicas/convocatorias/Horarios2010-2.htm|link]]\\ Clave: 60691. Grupo: T636.\\ Lugar: Instituto de Ecología, UNAM, México.\\ Fechas: 5-14 abril, 2010.\\ Instructor: Roberto Munguía-Steyer\\ Email: rmunguia.steyer@gmail.com\\ Adscripción: Dpto. Ecologia, IB-USP, Brasil.\\ Programa del curso y bibliografía. {{:programa_curso_captura-recaptura_unam-2010.pdf|pdf}} ===== Tutoriales ===== Los tutoriales representan un complemento al aprendizaje práctico del uso del programa de MARK que realizaremos en las sesiones de laboratorio. Los tutoriales servirán como introducción teórica a los procesos biológicos y de detección que inciden en la composición de la historias de encuentro de los animales que marcamos y eventualmente recapturamos. Las historias de encuentros son típicamente cadenas de ceros y unos formadas a partir de los datos colectados en el campo durante las sesiones de captura-recaptura de la población animal de interés. Los tutoriales comprenden tanto revisión de conceptos, el código usado en la simulación y estimación los parámetros de abundancia, supervivencia y detectabilidad mediante el uso del lenguaje de programación [[http://cran.r-project.org/|R]], así como los resultados y gráficos generados a partir de ese código. Todos los tutoriales incluyen dos archivos: el pdf y el código en R utilizado en en cada tutorial. - Probabilidad y máxima verosimilitud. {{:1_probabilidad_y_maxima_verosimilitud.pdf|pdf }} {{:1_probabilidad_y_maxima_verosimilitud.rtf|código}} - Estimación de la abundancia y su relación con la distribución multinomial. {{:2_estimacion_abundancia_multinomial.pdf|pdf }} {{:2_estimacion_abundancia_multinomial.rtf|código}} - Abundancia y la heterogeneidad en las tasas de recaptura. {{:3_abundancia_recapturas_heterogeneas.pdf|pdf }} {{:3_abundancia_recapturas_heterogeneas.rtf|código}} - Análisis de supervivencia de individuos con destino conocido. {{:4_supervivencia_destino_conocido.pdf|pdf }}{{:4_supervivencia_destino_conocido.rtf|código}} - Análisis de supervivencia de individuos con destino desconocido. {{:5_supervivencia_desc_c.pdf|pdf}}{{:5_supervivencia_desc.rtf|código}} - Código en R de los tutoriales con extensión R en un archivo comprimido. {{:codigo_en_r_de_tutoriales.zip| Scripts}} ===== Ejercicios en MARK ===== [[.Practicas|Prácticas]] ===== Programas a utilizar en el curso ===== El programa MARK será utilizado en todas las prácticas y sesiones de laboratorio. MARK representará la herramienta básica de trabajo. Sin embargo, para poder cotejar y comprobar los resultados de los tutoriales por cuenta propia es recomendable instalar R y el paquete de R llamado Rcapture, especializado en los análisis de abundancia y supervivencia bajo ese lenguaje de programación. El tutorial relativo a los métodos de supervivencia hace uso del programa WinBUGS y R2WinBUGS que es un paquete de R, aunque el foco del tutorial es explicar la interacción de los procesos de supervivencia y detección y cotejar los valores de los parámetros simulados y estimados usando MARK. Asimismo para realizar las pruebas de bondad de ajuste en los modelos de supervivencia (CJS, multiestados y edad) utilizaremos el programa U-CARE. * Programa [[http://warnercnr.colostate.edu/~gwhite/mark/mark.htm|MARK.]] * Lenguaje de programación [[http://cran.r-project.org/|R]] y el paquete [[http://cran.r-project.org/web/packages/Rcapture/index.html|Rcapture]] que corre en R. * Programa [[http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/bugs/|WinBUGS]] y el paquete [[http://cran.r-project.org/web/packages/R2WinBUGS/index.html|R2WinBUGS]] que corre en R. * Programa [[http://www.cefe.cnrs.fr/biom/En/softwares.htm|U-CARE.]] ===== Ligas de interés ===== * Foro de dudas sobre la implementación de modelos en MARK. [[http://www.phidot.org/forum/index.php|link]] * Manual escrito por Evan Cooch & Gary White sobre el uso de MARK. [[http://www.phidot.org/software/mark/docs/book/|link]] * Página de David Anderson. [[http://warnercnr.colostate.edu/~anderson/index.html|link]] * Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Francia. Página de Jean-Dominique Lebreton. [[http://www.cefe.cnrs.fr/en/Jean-Dominique_Lebreton.htm|link]] * USGS Patuxent Wildlife Research Center, Estados Unidos. Página de Andrew Royle. [[http://www.pwrc.usgs.gov/staff/profiles/documents/royle.htm|link]]