====== QUANTIFICAÇÃO DA DIVERSIDADE BIOLÓGICA ======

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Página da disciplina, oferecida pelo [[http://www.uesc.br/cursos/pos_graduacao/mestrado/ppgecb/|Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação da Biodiversidade]] da [[http://www.uesc.br|Universidade de Santa Cruz]].

Aqui você encontra o material de apoio para a disciplina.

===== AVISOS E NOVIDADES =====

{{blog>blog:quantif?10}}

===== Informações Gerais =====

  * **Responsáveis:** Adriana M.Z. Martini e Paulo Inácio K. L. Prado
  * **Período:** 31 de maio a 11 de junho de 2010
  * **Horário:** segundas a sextas, das 8:30 às 12:30
  * **Local:** Sala 3010 do Pavilhão Jorge Amado, UESC
  * **Programa:** {{:didatico:quantif:cronograma.pdf}}


 

===== Aulas =====

  - {{:didatico:quantif:introd.pdf|Introdução}}
  - {{:didatico:quantif:aula_sads.pdf|Distribuições de Abundâncias}}
  - {{:didatico:quantif:qdb_indicesdiversidade.pdf|Indices de Diversidade (ATUALIZADA!)}}
  - {{:didatico:quantif:qdb_comparandocomunidadesindices.pdf|Uso de Índices para Comparar Comunidades}}
  - {{:didatico:quantif:qdb_rarefacao.pdf|Rarefação (ATUALIZADA!)}}
  - {{:didatico:quantif:aula_estimadores.pdf|Estimadores de Diversidade}}
  - {{:didatico:quantif:particao_div.pdf|Partição da Diversidade}}

===== Exercícios =====

==== Distribuição de Abundâncias ====
Baixe os arquivos das funções em R, o roteiro, e o arquivo com os comandos. Siga as instruções do roteiro.

  * {{:didatico:quantif:pratica1.pdf|Roteiro}} **Atualizado 06/jun**
  * {{:didatico:quantif:pratica1.r|Arquivos de comandos (script)}} **Atualizado 06/jun**

=== Arquivos de Funções em R ===

  * {{:tutoriais:funcoes_lognormal.r}} **Atualizado 06/jun**
  * {{:tutoriais:funcoes_logser.r}}
  * {{:tutoriais:rankplots.r}}
  * {{:tutoriais:funcoes_niche_part.r}}


==== Índices de Diversidade ====

  * {{:didatico:quantif:praticaindicesdiversidade.pdf|Roteiro}}

=== Conjuntos de Dados ===
  * {{:didatico:quantif:com10spp.csv|Comunidade com 10 spp(.csv)}}
  * {{:didatico:quantif:com20spp.csv|Comunidade com 20 spp(.csv)}}
  * {{:didatico:quantif:comunidades_10_e_20spp.xls|Comunidades com 10 e 20 spp}}: os mesmo dados em um arquivos Excell.  
  

==== Comparações de Índices em Amostras ====

Baixe todos os arquivos para seu diretório de trabalho. Siga as instruções do roteiro.

  * {{:didatico:quantif:pratica3.pdf|Roteiro}}
  * {{:didatico:quantif:pratica3.r|Arquivo de script em R}}


=== Conjuntos de Dados ===
Censo de árvores com DAP maior ou igual a 5 cm em duas parcelas permanentes instaladas em florestas tropicais.

<box red 90% |**ATENÇÃO: grave os arquivos com o nome correto**>
Clique com o botão direito para baixar os arquivos csv. Se o nome sugerido pelo navegador for ''fetch.php'' ou outro que não seja o nome do arquivo, corrija.

Os arquivos devem ter o mesmo nome que está neste site para que o código de R funcione.
</box>
==PEIC==
[[http://ecologia.ib.usp.br/labtrop/doku.php?id=labtrop:01_projetos:02_pp:pp_peic:pp_peic|Parcela Permanente da Ilha do Cardoso]]: floresta de restinga, com área de 10 ha.
  * {{:didatico:quantif:peic20x20_indices.csv}}: Índices de diversidade em cada quadrícula de 20x20 m.
  * {{:didatico:quantif:peictot.csv}}: Abundâncias totais das espécies na parcela.

==BCI==
[[http://www.ctfs.si.edu/site/Barro+Colorado+Island/|Parcela Permanente da Ilha de Barro Colorado]]: floresta sazonal tropical, com área de 50 ha.
  * {{:didatico:quantif:bci20x20_indices.csv}}: Índices de diversidade em cada quadrícula de 20x20 m.
  * {{:didatico:quantif:bcitot.csv}}: Abundâncias totais das espécies na parcela.
  * {{:didatico:quantif:bcitot10.csv}}: Abundâncias totais das espécies em uma área de 320 x 320 (~10 ha) dentro da parcela.

==Para Calcular Perfis de Diversidade no PAST==
  * {{:didatico:quantif:perfisdiversidadepeic_bci.xls|PerfisDiversidadePEIC_BCI.xls}}

==== Rarefação ====
    * {{:didatico:quantif:praticararefacaoroteiro.pdf|Roteiro}}

=== Conjuntos de Dados ===
    * {{:didatico:quantif:rebio_tudo.txt|REBIO_TUDO.txt}} : Para usar no Ecosim
    * {{:didatico:quantif:rebio_tudo.xls|REBIO_TUDO.xls}} : Arquivo Excel com N e S de cada comunidade
    * {{:didatico:quantif:rebio_so_arvores.txt|REBIO_SO_ARVORES.txt}} : Para usar no Ecosim
    * {{:didatico:quantif:rebio_so_arvores.xls|REBIO_SO_ARVORES.xls}}: Arquivo Excel com N e S de cada comunidade


====Estimadores====
   * {{:didatico:quantif:roteiro_pratica_sobre_estimadores_de_diversidade.pdf|Roteiro}}
   * {{:didatico:quantif:tabelaestimadoresparacompletar.xls|Tabela Excell para preecher com os resultados}}
===Conjuntos de Dados===
   * {{:didatico:quantif:10am_1ha_bci_est.txt}} : amostra de 10 parcelas de 1 ha em BCI, no formato para o programa **EstimateS**.
   * {{:didatico:quantif:250am_20x20_bci_est.txt}} : amostra de 250 parcelas de 20x20m em BCI, no formato para o programa **EtimateS**.

==== Partição Aditiva ====

  * {{:didatico:quantif:pratica_part.pdf|Roteiro}}
  * {{:didatico:quantif:pratica_part.r|Arquivo de comandos R}}
  * {{:didatico:quantif:funcoes_partition.r|Função de partição para rodar no R}}

===Conjuntos de Dados===

  * {{:didatico:quantif:frog.csv}}: anuros em Una (BA)
  * {{:didatico:quantif:bird.csv}}: aves em Una (BA)





===== Leituras =====
==== Gerais ====

<bibtex>
@BOOK{Magurran2004,
  title = {Measuring Biological Diversity},
  publisher = {Blackwell},
  address = {London},
  year = {2004},
  author = {Magurran, A.E.},
  %file={:reservada:bib:magurran2004.pdf}
}
@INCOLLECTION{May1975,
  author = {May, R. M.},
  title = {Patterns of Species Abundance and Diversity},
  booktitle = {Ecology and Evolution of Communities},
  publisher = {Harvard University Press},
  year = {1975},
  editor = {Cody, Martin L. and Diamond, Jared M. },
  chapter = {4},
  pages = {81--120},
  address = {Cambridge, MA},
  %file={:reservada:bib:may1975.pdf}
}
@BOOK{Pielou1975,
  title = {Ecological Diversity},
  publisher = {Wiley Interscience},
  year = {1975},
  author = {Pielou, E. C.},
  address = {New York},
  owner = {paulo},
  timestamp = {2008.12.20}
}
</bibtex>

==== SADs ====

<bibtex>
@ARTICLE{McGill2007,
  author = {McGill, B.J. and Etienne, R.S. and Gray, J.S. and Alonso, D. and
	Anderson, M.J. and Benecha, H.K. and Dornelas, M. and Enquist, B.J.
	and Green, J.L and He, F. and Hurlbert, A.H. and Magurran, A. E.
	and Marquet, P.A. and Maurer, B.A. and Ostling, A. and Soykan, C.U.
	and Ugland, K.I. and White, E.},
  title = {Species abundance distributions: moving beyond single prediction
	theories to integration within an ecological framework},
  journal = {Ecology Letters},
  year = {2007},
  volume = {10},
  pages = {995-1015},
  number = {10},
  %file={:reservada:bib:mcgill2007.pdf}
}

@ARTICLE{Prado2010,
  author = {Prado, P I},
  title = {Distribuições de Abundâncias de Espécies: avanços analíticos para entender um padrão básico em ecologia},
  journal = {Ciência e Ambiente},
  year = {2010},
  volume = {no prelo},
  file={:projetos:prado_2010.pdf}
}
</bibtex>

==== Índices de Diversidade ====
<bibtex>
@ARTICLE{Hill1973,
  author = {Hill, M O},
  title = {Diversity and evenness: a unifying notation and its consequences},
  journal = {Ecology},
  year = {1973},
  volume = {54},
  pages = {427--432},
  number = {2},
  publisher = {JSTOR},
  %file={:reservada:bib:hill1973.pdf}
}

@article{Hubalek2000,
  title={Measures of species diversity in ecology: an evaluation},
  author={Hub{\'a}lek, Z.},
  journal={Folia Zoologica},
  volume={49},
  number={4},
  pages={241--260},
  year={2000},
  %file={:reservada:bib:hubalek2000.pdf}
}

@article{melo2008,
  title={O que ganhamos confundindo riqueza de espécies e equabilidade em um índice de diversidade?},
  author={Melo, A.S.},
  journal={Biota Neotropica},
  volume={8},
  year={2008},
  publisher={SciELO Brasil},
  url={http://www.biotaneotropica.org.br/v8n3/pt/fullpaper?bn00108032008+pt}
}
@article{Patil1982,
  title={Diversity as a concept and its measurement},
  author={Patil, GP and Taillie, C.},
  journal={Journal of the American Statistical Association},
  volume={77},
  number={379},
  pages={548--561},
  year={1982},
  publisher={JSTOR},
  %file={:reservada:bib:patil1982.pdf}
}
</bibtex>

==== Rarefação e Curva do Coletor ====
<bibtex>
@ARTICLE{Gotelli2001,
  author = {N J Gotelli and R K Colwell},
  title = {Quantifying biodiversity: procedures and pitfalls in the measurement
	and comparison of species richness},
  journal = {Ecology Letters},
  year = {2001},
  volume = {4},
  pages = {379-391},
  owner = {paulo},
  timestamp = {2008.12.16},
  %file= {:reservada:bib:gotelli2001.pdf}
}

@article{schilling2008,
  title={Curva de acumulação de espécies e suficiência amostral em florestas tropicais},
  author={Schilling, A.C. and Batista, J.L.F.},
  journal={Revista Brasileira de Botânica},
  volume={31},
  pages={179--187},
  year={2008},
  publisher={SciELO Brasil},
  url={http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0100-84042008000100016&script=sci_abstract&tlng=pt}
}

@article{Tipper1979,
  title={Rarefaction and rarefiction-the use and abuse of a method in paleoecology},
  author={Tipper, J.C.},
  journal={Paleobiology},
  volume={5},
  number={4},
  pages={423--434},
  year={1979},
  publisher={JSTOR},
  %file={:reservada:bib:tipper79.pdf}
}

</bibtex>

==== Estimadores de Diversidade ====
<bibtex>
@article{colwell1994,
  title={Estimating terrestrial biodiversity through extrapolation},
  author={Colwell, R.K. and Coddington, J.A.},
  journal={Philosophical Transactions: Biological Sciences},
  volume={345},
  number={1311},
  pages={101--118},
  year={1994},
  publisher={JSTOR},
  %file={:reservada:bib:colwell1994.pdf}
}

@MANUAL{colwell2006,
  title = {EstimateS User’s guide: Statistical estimation of species richness
	and shared species from samples. Version 8.2},
  author = {Colwell, RK},
  address = {Storrs, Connecticut},
  year = {2009},
  url = {http://viceroy.eeb.uconn.edu/EstimateSPages/EstSUsersGuide/EstimateSUsersGuide.htm}
}

@INBOOK{Santos2003,
  pages = {19--41},
  title = {Estimativas de riqueza em espécies},
  publisher = {UFPR/Fund. Boticário},
  year = {2003},
  editor = {Cullen, L., Jr. and Rudram, R. and Valladares-Pádua, C.},
  author = {Santos, A},
  address = {Curitiba},
  booktitle = {Métodos de estudos em biologia da conservação e manejo
	da vida silvestre},
  owner = {paulo},
  timestamp = {2010.06.07}
}
</bibtex>

==== Partição da Diversidade ====
<bibtex>
@article{crist2003,
  title={Partitioning species diversity across landscapes and regions: a hierarchical analysis of $$\alpha$$, $$\beta$$, and $$\gamma$$ diversity},
  author={Crist, T.O. and Veech, J.A. and Gering, J.C. and Summerville, K.S.},
  journal={The American Naturalist},
  volume={162},
  pages={734--743},
  year={2003},
  publisher={Univ. Chicago Press},
  %file={:reservada:bib:crist2003.pdf}
}

@article{wagner2000,
  title={Additive partitioning of plant species diversity in an agricultural mosaic landscape},
  author={Wagner, H.H. and Wildi, O. and Ewald, K.C.},
  journal={Landscape Ecology},
  volume={15},
  number={3},
  pages={219--227},
  year={2000},
  publisher={Springer},
  %file={:reservada:bib:wagner2000.pdf}
}

@article{veech2002,
  title={The additive partitioning of species diversity: recent revival of an old idea},
  author={Veech, J.A. and Summerville, K.S. and Crist, T.O. and Gering, J.C.},
  journal={Oikos},
  pages={3--9},
  year={2002},
  %file={:reservada:bib:veech2002.pdf}
}



</bibtex>
===== Recursos na Internet =====
==== Programas ====

  * [[http://www.r-project.org| R Project]]: Ambiente de programação estatística em código aberto. Faz tudo o que os pacotes abaixo fazem e muito mais. O custo é maior tempo para aprender. Os ganhos são autonomia analítica e ter uma única plataforma para qualquer análise, constantemente verificada por uma comunidade cada vez maior.
  * [[http://folk.uio.no/ohammer/past/|PAST]]: programa compacto e muito completo para análises de dados de comunidades biológicas.
  * [[http://www.garyentsminger.com/ecosim/index.htm|Ecosim]]: ótimo programa para aprender sobre modelos nulos em ecologia, com manual //online// muito didático. Veja também o livro sobre modelos nulos de N. Gotelli, que é a referência básica sobre o assunto. Disponível em [[http://www.uvm.edu/~ngotelli/nullmodelspage.html]].
  * [[http://viceroy.eeb.uconn.edu/estimates|EstimateS]]: o programa mais usado para estimar riqueza de espécies. Manual com excelente revisão das fórmulas dos estimadores, e uma seção com alguns pdfs de artigos para //download//.
  * [[http://www.users.muohio.edu/cristto/downloadpage.htm|Partition]]: manual curto e operacional. Versões anteriores tinham alguns erros. Recomendamos conferir os resultados com as funções em R fornecidas nos exercícios.





==== Outros ====
  * Distribuições interativas //on-line// do Statistics Online Computational Resource da UCLA: [[http://www.socr.ucla.edu/htmls/SOCR_Distributions.html]]
  * [[http://www.inf.ethz.ch/personal/gut/lognormal/brochure.html|Life is log-normal]] : argumentação provocadora a favor do uso da log-normal ao invés da normal, com link para o artigo e uma demonstração animada.
  * [[http://ecologia.ib.usp.br/bie5782|Página da disciplina Uso da Linguagem R em Ecologia (USP)]]: apostila, dicas, tutoriais.