Diferenças

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--- roteiro:meta_resgate [2012/05/28 12:17] – criada adalardo
+++ roteiro:meta_resgate [2024/01/09 18:18] (atual) – edição externa 127.0.0.1
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 ====== Efeito de resgate ======
-{{:ecovirt:resgate2.jpg?200  |}}
+{{resgate2.jpg?200  |}}
 Nós já vimos um modelo mais simples, onde a probabilidade de colonização de uma mancha é sempre a mesma devido a uma chuva constante de propágulos vindos de uma área-fonte. Vimos também um modelo um pouco mais complexo, onde essa probabilidade de colonização variava em função do número de manchas que já estavam ocupadas, não havendo mais necessidade de assumir uma chuva de propágulos. Nesse segundo modelo, a colonização era interna e não havia uma área-fonte, ou seja, a única migração possível é entre manchas.
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 Então, mãos à obra! O que precisamos fazer com nosso modelo mais básico para incorporar o efeito de resgate? Se a vinda de propágulos de outras manchas reduz as chances de extinção locais, então, quanto menor a fração de manchas ocupadas, maior a chance de extinção:
-$$p_e=e(1-f) $$  ; onde **e** é uma medida de quanto aumenta a chance de extinção à medida que diminui **f**
+$p_e=e(1-f)$ ;
+onde **e** é uma medida de quanto aumenta a chance de extinção à medida que diminui **f**.
 Isso faz com nosso novo modelo tenha essa cara:
-$$ (df)/(dt)=p_i (1-f) - ef(1-f)$$  e que o **F** (f no equilíbrio) seja o seguinte:
+$$\frac{df}{dt}=p_i (1-f) - ef(1-f)$$
-$$F=p_i/e $$
+e que o **F** (f no equilíbrio) seja o seguinte:
-Além disso, no equilíbrio $$p_e=e-p_i$$
+$$F=\frac{p_i}{e}$$
-Vejas as opções de parâmetros que a janela de efeito resgate do EcoVirtual abre (//EcoVirtual > Metapopulatio> Rescue Effect//):
+Além disso, no equilíbrio $p_e=e-p_i$
-^ opção ^  parâmetro ^definição ^
+Assim, eis nossa nova função:
-^ data set |objeto no R | guarda os resultados|
+<code>
-^ Maximum time |$$t_(max) $$ |Número de iterações da simulação |
+meta.er=function(tf,c,l,fi,pi,e){
-^ coluns | //ncol// |número de colunas de habitat da paisagem |
+	paisag=array(0,dim=c(l,c,tf))
-^ rows | //nrows// |número de linhas de habitat da paisagem |
+	paisag[,,1]=matrix(sample(c(1,0),c*l,prob=c(fi,1-fi), replace=T),l,c)
-^ initial occupance | $$f_0 $$ |no. de manchas ocupadas no inicio |
+	resultado=numeric()
-^ colonization coef. |//i// |coeficiente de colonização i |
+	res=numeric()
-^ prob. extinction |//e// |coeficiente de extinção |
+	for(t in 2:tf){
+		 pe=e*(1-sum(paisag[,,t-1])/(c*l))
+	       paisag[,,t][paisag[,,(t-1)]==1]<-sample(c(0,1),sum(paisag[,,(t-1)]), replace=T, prob=c(pe,1-pe))
+	       paisag[,,t][paisag[,,(t-1)]==0]<-sample(c(0,1),c*l-sum(paisag[,,(t-1)]), replace=T, prob=c(1-pi,pi))
+	       resultado[t-1]=sum(paisag[,,t])/(c*l)
+		 res[t-1]=pe
+	      }
-Experimente os seguintes parâmetros:
+	F=pi/e
-$$t_(max)=100; ncols=10; nrows=10; f_0=.1 ; p_i=0.1 ; e=1 $$
+	plot(1:tf,c(fi,resultado),type="l",xlab="Tempo",ylab="Fração de manchas ocupadas",
+	ylim=c(0,1),main=paste("Chuva de Propágulos com Efeito Resgate",
+                           "\n c=",c," l=",l," fi=",fi," pi=",pi," e=",e),
+             font.lab=2,lwd=2)
+	abline(h=F,col=2,lwd=2,lty=2) # equilibrio F
+	points(1:tf,c(e*(1-fi),res),type='l',lwd=2,col="blue") # pe observado
+	abline(h=e-pi,col="green",lwd=2,lty=2) # pe equilibrio
+	legend("topright", legend=c("proporção ocupada", "equilíbrio F", "prob. extinção (pe)", "equilíbrio pe"), lty=c(1,2,1,2), col=c("black","red","blue", "green"), bty="n")
+      return(paisag)
+	}
+</code>
+Que você executa com comando abaixo, alterando os parâmetros como desejar:
+<code>
+meta.er(tf=100,c=10,l=10,fi=.1,pi=0.1,e=1)
+</code>
 Nos gráficos que serão produzidos temos agora, além da trajetória do **f** (linha preta contínua) e do **F** (linha vermelha tracejada), a trajetória da **pe** (linha azul contínua) e o valor de **pe** no equilíbrio (linha verde tracejada). Você nota algo interessante nesse gráfico? Percebeu que uma linha é a imagem refletida da outra, mas que há um pequeno atraso de uma em relação à outra? Por que será que isso acontece?
 ===== Efeito de resgate e colonização interna =====
-{{:ecovirt:frank.jpg?350  |}}
+{{resgate0.jpg?350|}}
 Agora que já testamos duas melhoras para nosso modelo inicial (efeito de resgate e colonização interna), que tal juntarmos as duas coisas num só modelo? Ao fazermos isso estamos eliminando de uma vez por todas um importante pressuposto: a chuva de propágulos vindos de uma área-fonte externa.
 Nosso modelo ficará com uma cara assim:
-$$(df)/(dt)=if(1-f)-ef(1-f)$$
+$$\frac{df}{dt}=if(1-f)-ef(1-f)$$
 Muito bonito, mas o cálculo de **F** ficou complicado:
-$$if(1-f)=ef(1-f)$$
+$if(1-f)=ef(1-f)$
-Note que para resolvermos essa equação chegamos à igualdade: **i=e**, ou seja, só haverá equilíbrio quando **i** for igual a **e**. Vamos testar isso usando o EcoVirtual? Veja as opções agora na janela do modelo de efeito Resgate com colonização Interna (//EcoVirtual > Metapopulation> Rescue & Internal...//)
+Note que para resolvermos essa equação chegamos à igualdade: **i=e**, ou seja, só haverá equilíbrio quando **i** for igual a **e**. Vamos testar isso? Primeiro carregue a função para realizar a simulação deste modelo:
+<code>
+meta.cier=function(tf,c,l,fi,i,e){
+	paisag=array(0,dim=c(l,c,tf))
+	paisag[,,1]=sample(c(rep(0,round(c*l-fi*c*l)),rep(1,round(fi*c*l))))
+	resultado=numeric()
+	rese=numeric()
+	resi=numeric()
+	for(t in 2:tf){
+		 pe=e*(1-sum(paisag[,,t-1])/(c*l))
+		 pi=i*sum(paisag[,,t-1])/(c*l)
+	       paisag[,,t][paisag[,,(t-1)]==1]<-sample(c(0,1),sum(paisag[,,t-1]),replace=T,prob=c(pe,1-pe))
+	       paisag[,,t][paisag[,,(t-1)]==0]<-sample(c(0,1),c*l-sum(paisag[,,t-1]),replace=T,prob=c(1-pi,pi))
+	       resultado[t-1]=sum(paisag[,,t])/(c*l)
+		 rese[t-1]=pe
+		 resi[t-1]=pi
+	      }
+        plot(1:tf,c(fi,resultado),type="l",xlab="Tempo",ylab="Proporção/Probabilidade",
+	ylim=c(0,1),main=paste("Colonização Interna","\n c=",c," l=",l," fi=",fi," i=",i," e=",e),font.lab=2,lwd=2)
+	abline(h=0,lty=2)
+	points(1:tf,c(e*(1-fi),rese),type='l',lwd=2,col=4,lty=3)
+	points(1:tf,c(i*fi,resi),type='l',lwd=2,col=6,lty=3)
+        legend("topright", legend=c("manchas ocupadas", "prob.colonização", "prob.extinção"), lty=c(1,3,3), col=c(1,6,4), bty="n")
-E agora você pode simular o modelo com os valores de parâmetros que desejar, mudando os parâmetros na janela :
+      return(paisag)
+	}
+</code>
-$$ t_(max)=100; ncols =10; nrows=10; f_0=.5;  i=.5 ; e=.5
+E agora você pode simular o modelo com os valores de parâmetros que desejar, mudando os parâmetros da função acima:
+<code>
+meta.cier(tf=100,c=10,l=10,fi=.5,i=.5,e=.5)
+</code>
 Nos gráficos produzidos, a linha preta contínua é a trajetória do **f** e as linhas pontilhadas são as probablidades de extinção (azul) e colonização (rosa).
-Pense nas seguintes questões:
+<box red 70%| Exercícios>
+Produza simulações do modelo e responda às seguintes perguntas:
   * Como se comporta **pi** em relação a **pe**?
   * Existe de fato um equilíbrio quando **e = i**?
   * O que acontece quando **e > i** e vice-versa?
+</box>
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 ==== Referências adicionais ====
-{{:ecovirt:gotelli91.pdf|Gotelli, N.J. 1991.}} Metapopulation models: the rescue effect, the propagule rain, and the core-satellite hypothesis. The American Naturalist 138:768-776.
+{{:roteiro:gotelli91.pdf|Gotelli, N.J. 1991.}} Metapopulation models: the rescue effect, the propagule rain, and the core-satellite hypothesis. The American Naturalist 138:768-776.
-===== Codigo R =====
-Siga o roteiro com o código base do R [[metaresgate_cod.txt| aqui]]