Diferenças

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--- roteiro:meta_inter [2012/05/28 12:24] – adalardo
+++ roteiro:meta_inter [2012/05/28 17:41] – adalardo
@@ Linha 1: / Linha 1: @@
 ====== Colonização Interna ======
-{{:ecovirt:colint2.jpg?300  |Ilhas dos Barbados - Reserva Biológica Poço das Antas. Foto: Ernesto Viveiros de Castro. http://www.biologia.ufrj.br/labs/lecp/linhas.htm }}
+{{:roteiro:colinter.jpg?200  |Ilhas dos Barbados - Reserva Biológica Poço das Antas. Foto: Ernesto Viveiros de Castro. http://www.biologia.ufrj.br/labs/lecp/linhas.htm }}
-Podemos((roteiro produzido pelo monitor Marcel Vaz a partir de material do curso de [[http://ecologia.ib.usp.br/bie5786|Ecologia de Populações]] do nosso programa de pós-graduação em ecologia))  eliminar do modelo anterior o pressuposto de uma chuva de propágulos constante e fazer com que a colonização seja uma função do número de lugares ocupados. Em uma formulação simples desse modelo, a fonte de propágulos é unicamente interna (sistema fechado) e a probabilidade de colonização varia de forma linear à proporção de lugares ocupados.
+Podemos  eliminar do modelo anterior o pressuposto de uma chuva de propágulos constante e fazer com que a colonização seja uma função do número de lugares ocupados. Em uma formulação simples desse modelo, a fonte de propágulos é unicamente interna (sistema fechado) e a probabilidade de colonização varia de forma linear à proporção de lugares ocupados.
 Dessa forma, nosso modelo não terá mais uma probabilidade de colonização constante (**pi**), mas sim uma probabilidade de colonização dependente do número de manchas ocupadas:
@@ Linha 12: / Linha 12: @@
 Portanto, quanto mais manchas ocupadas, maior a chance de colonização das manchas vazias. Substituindo **pi** na equação antiga temos:
-$$df/dt=if(1-f)-p_e f$$
+$$\frac{df}{dt}=if(1-f)-p_e f$$
 O cálculo da fração de manchas ocupadas no equilíbrio (**F**) também é modificado para:
-$$F=1-p_e /i$$
+$$F=1-\frac{p_e}{i}$$
 Vamos verificar isto simulando esta situação. Como no exercício anterior, criamos uma função no R para gerar a simulação. Como antes, esta função simplesmente sorteia eventos de colonização e extinção em cada mancha a cada intervalo de tempo, segundo as regras do modelo. Em seguida ela retorna um gráfico e as matrizes de ocupação das manchas em cada instante de tempo.
@@ Linha 49: / Linha 49: @@
 </code>
-Brinque um pouco com o modelo fazendo variar os parâmetros do modelo e pense nas seguintes perguntas:
+Brinque um pouco com o modelo fazendo variar os parâmetros do modelo e responda as seguintes perguntas baseado em suas simulações:
+<box 80% red|Exercícios>
   * Você consegue perceber alguma diferença nos resultados dos dois modelos, mantidos iguais os parâmetros que eles têm em comum?
   * A posição de uma mancha na paisagem influencia a pi e a pe dessa mancha? Qual seria um modelo mais realista?
@@ Linha 55: / Linha 56: @@
   * Qual o significado de um F negativo?
+</box>
- Para finalizar, uma última animaçãozinha, antes salvo o resultado de uma simulação em um arquivo, por exemplo:
+ Salve os resultado de sua simulação em objetos no seu espaço de trabalho no R, por exemplo:
 <code>
@@ Linha 64: / Linha 65: @@
 </code>
-Agora passe a função abaixo para o programa
+Carregue a função abaixo para o programa
 <code>
-anima2=function(dados){
+meta.anima2=function(dados)
-	tf=dim(dados)[3]
+{
-	for(i in 1:tf){
+nsim=dim(dados)[3]
-	image(dados[,,i], main=("Ocupação de manchas"),col=c("white","red"),bty="n",xaxt='n',yaxt='n')
+ln=dim(dados)[1]
-	grid(dim(dados)[1],dim(dados)[2])
+cl=dim(dados)[2]
-	Sys.sleep(.2)
+image(0:ln, 0:cl, dados[,,1], col=c("white", "green") , breaks=c(0,0.99,5),main="Metapopulation Dynamics", sub=paste("Initial configuration from", nsim," simulations",  sep=""), xlab="", ylab="")
-	}
+grid(ln,cl)
+Sys.sleep(.5)
+conta12=dados[,,1]+ (2*dados[,,2])
+image(0:ln, 0:cl, conta12, col=c("white","red","lightgreen", "darkgreen") , breaks=c(0,0.9,1.9,2.9,3.9),main="Metapopulation Dynamics", sub=paste("red= extintion; light green= colonization; dark green = permanence \n maximum time = ", nsim, sep=""), xlab="", ylab="")
+	for(i in 3:nsim)
+	{
+	conta12=dados[,,(i-1)]+ (2*dados[,,i])
+	image(0:ln, 0:cl, conta12, col=c("white","red","lightgreen", "darkgreen") , breaks=c(0,0.9,1.9,2.9,3.9), xlab="", ylab="", add=TRUE)
+	Sys.sleep(.1)
 	}
+}
+################
 </code>
-Agora é só rodar a função acima com o resultado da simulação:
+Agora é só rodar a função acima com o resultado da simulação para ter uma animação de suas simulações.
 <code>
-anima2(dados=sim.int1)
-</code>
+meta.anima2(dados=sim.int1)
+</code>