Diferenças

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--- roteiro:meta_habitat [2012/05/28 14:06] – [Usando um Tira-Manchas] adalardo
+++ roteiro:meta_habitat [2012/06/01 18:44] – [Usando um Tira-Manchas] mortara
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 [[roteiro:meta_compete#Código|Nossa função em R]] para simular competição em metapopulações já tem um argumento para especificar a fração de manchas removidas. Seu valor padrão (//default//) é zero. Como não especificamos outro valor nas simulações anteriores, este foi o valor usado, e nenhuma mancha foi removida.
+A função:
+<code>
+meta.comp<-function(tf,l,c,fi1,fi2,i1,i2,pe,plot.eq=FALSE,D=0){
+  F1 <- 1-(pe/i1)
+  F2 <- pe/i1-i1/i2
+  if(F1<=0) F2 <- 1-(pe/i2)
+  Nt <- l*c
+  N <- floor(Nt*(1-D))
+  resultado=matrix(nrow=tf,ncol=3)
+  n1 <- floor(fi1*N)
+  n2 <- floor(fi2*N)
+  antes <- sample(rep(c(2,1,0),c(n2,n1,N-(n1+n2))))
+  resultado[,1] <- 1:tf
+  resultado[1,2:3] <- c(sum(antes==1),sum(antes==2))/N
+  for(t in 2:tf){
+    depois <- rep(0,N)
+    pi1=i1*sum(antes==1)/Nt
+    pi2=i2*sum(antes==2)/Nt
+    depois[antes==1]<-sample(c(0,1),sum(antes==1),replace=T,prob=c(pe,1-pe))
+    depois[antes==2]<-sample(c(0,2),sum(antes==2),replace=T,prob=c(pe,1-pe))
+    depois[antes==0] <- sample(c(0,2),sum(antes==0),replace=T,prob=c(1-pi2,pi2))
+    d1<-sample(c(0,1),sum(antes!=1),replace=T,prob=c(1-pi1,pi1))
+    depois[antes!=1][d1==1] <- 1
+    resultado[t,2:3]=c(sum(depois==1),sum(depois==2))/Nt
+    antes <- depois
+  }
+  plot(1:tf,resultado[,2],type="l",xlab="Tempo",ylab="Fração de manchas ocupadas",
+       ylim=c(0,1),main=paste("Competição com Colonização Interna","\n c=",c," l=",l," fi1=",fi1," fi2=",
+                     fi2,"\n i1=",i1," i2=",i2," pe=",pe," D=",D),font.lab=2,lwd=2, col="red")
+  lines(1:tf,resultado[,3],col="blue", lwd=2)
+  if(plot.eq==T){
+    abline(h=F1,col="red",lwd=1.5,lty=2)
+    abline(h=F2,col="blue",lwd=1.5,lty=2)
+  }
+  if(D>0)abline(h=1-D,lty=2)
+  legend("topright", c("Melhor competidora", "Pior competidora"),col=c("red","blue"),lty=1)
+  invisible(resultado)
+}
+</code>
 Vamos começar com uma simulação sem destruição de hábitat, em que temos coexistência das duas espécies. A espécie competitivamente inferior tem três vezes mais capacidade de colonização.
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 O gráfico tem agora uma linha horizontal pontilhada, que indica a fração de manchas efetivamente disponível para as duas espécies. Investigue o efeito do aumento de destruição de habitat sobre a coexistência e fração de manchas ocupadas pelas espécies.
+Agora experimente ser um destruidor mais voraz acabando com 30% e 50% das manchas e responda às questões.
 ===== Perguntas =====
+<box red 80% |Exercício>
   - Como a destruição de habitat afeta cada uma das espécies? Há diferenças importantes neste efeito?
   - A destruição do habitat pode tornar possível a coexistência?
   - Interprete estes resultados em termos biológicos.
+</box>
+/*
 ===== Referências =====
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   * Nee, S. and May, R.M. (1992) Dynamics of metapopulations: habitat destruction and competitive coexistence. Journal of Animal Ecology, 61:37–40.
   * Stevens, M.H.H. (2009) A primer in ecology with R. New York, Springer. {{:roteiro:stevens_cap9.pdf|}}
+*/