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Pacotes do R
Abaixo estão alguns pacotes úteis para as análises apresentadas na disciplina:
Unmarked
Este pacote realiza análises com modelos de ocupação e com amostragem de distâncias. O artigo a seguir que apresenta o pacote:
Rcapture
Este pacote realiza análises de marcação recaptura de populações fechadas e abertas, e utilizando o desenho robusto de Pollock. O artigo abaixo traz um resumo do que o pacote faz:
secr
O pacote foi desenvolvido para a construção de models de marcação-recaptura espacialmente explícitos. A descrição do pacote:
wiqid
Pacote com várias análises populacionais e de comunidades. Descrição do pacote abaixo:
O blog do autor do pacote, Mike Meredith, também traz textos interessantes sobre diferentes análises e temas:
stocc
Modelos de ocupação espacialmente explícitos:
http://finzi.psych.upenn.edu/R/library/stocc/html/stocc-package.html
detect
Outro pacote para modelos de ocupação com detecção imperfeita.
- Lele, S.R., Moreno, M. and Bayne, E. 2011. Dealing with detection error in site occupancy surveys: What can we do with a single survey? Journal of Plant Ecology, 5(1), 22–31.
- Solymos, P., Lele, S. R and Bayne, E. 2011. Conditional likelihood approach for analyzing single visit abundance survey data in the presence of zero inflation and detection error. Environmetrics, 23, 197–205.
- Solymos, P., Matsuoka, S. M., Bayne, E. M., Lele, S. R., Fontaine, P., Cumming, S. G., Stralberg, D., Schmiegelow, F. K. A. & Song, S. J., 2013. Calibrating indices of avian density from non-standardized survey data: making the most of a messy situation. Methods in Ecology and Evolution, 4, 1047–1058.