Pacotes do R

Abaixo estão alguns pacotes úteis para as análises apresentadas na disciplina:

Este pacote realiza análises com modelos de ocupação e com amostragem de distâncias. O artigo a seguir que apresenta o pacote:

• Fiske & Chandler 2001

Para executar o MARK a partir do R:

• Site

Este pacote realiza análises de marcação recaptura de populações fechadas e abertas, e utilizando o desenho robusto de Pollock. O artigo abaixo traz um resumo do que o pacote faz:

• Baillargeon & Rivest 2007

Outro pacote com análises de marcação-recaptura. Descrição no artigo abaixo:

• Laake et al. 2013

Ainda outro pacote para análises de marcação-recaptura.

• PDF com descrição

O pacote foi desenvolvido para a construção de models de marcação-recaptura espacialmente explícitos. A descrição do pacote:

• Efford Overview SECR

Pacote com várias análises populacionais e de comunidades. Descrição do pacote abaixo:

• Overview wiqid

O blog do autor do pacote, Mike Meredith, também traz textos interessantes sobre diferentes análises e temas:

• Blog do autor

Modelos de ocupação espacialmente explícitos:

• PDF com descrição

Outro pacote para modelos de ocupação com detecção imperfeita.

• http://dcr.r-forge.r-project.org/qpad/QPAD_SupportingInfo.pdf
• Lele, S.R., Moreno, M. & Bayne, E. 2011. Dealing with detection error in site occupancy surveys: What can we do with a single survey? Journal of Plant Ecology, 5(1), 22–31.
• Solymos, P., Lele, S.R & Bayne, E. 2011. Conditional likelihood approach for analyzing single visit abundance survey data in the presence of zero inflation and detection error. Environmetrics, 23, 197–205.
• Solymos, P., Matsuoka, S.M., Bayne, E.M., Lele, S.R., Fontaine, P., Cumming, S.G., Stralberg, D., Schmiegelow, F.K.A. & Song, S.J. 2013. Calibrating indices of avian density from non-standardized survey data: making the most of a messy situation. Methods in Ecology and Evolution, 4, 1047–1058.

Pacote para simular populações, desenhos amostrais e estimar a abundância de populações fechadas simuladas. Você deve instalar o pacote a partir de um arquivo ZIP que pode ser baixado pelo site abaixo:

• Site
• Borchers, D.L., Buckland, S.T. & Zucchini, W. 2010. Estimating Animal Abundance: closed populations. Springer-Verlag, London.