====== Pacotes do R ====== 

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Abaixo estão alguns pacotes úteis para as análises apresentadas na disciplina:

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===== Unmarked =====

Este pacote realiza análises com modelos de ocupação e com amostragem de distâncias. O artigo a seguir que apresenta o pacote:

  * [[http://www.jstatsoft.org/v43/i10|Fiske & Chandler 2001]]

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=====RMark=====

Para executar o MARK a partir do R:

  * [[http://www.phidot.org/software/mark/rmark/|Site]]

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===== Rcapture =====

Este pacote realiza análises de marcação recaptura de populações fechadas e abertas, e utilizando o desenho robusto de Pollock. O artigo abaixo traz um resumo do que o pacote faz:

  * [[http://www.jstatsoft.org/v19/i05/paper|Baillargeon & Rivest 2007]]

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===== marked =====

Outro pacote com análises de marcação-recaptura. Descrição no artigo abaixo:

  * [[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.12065/abstract;jsessionid=EE80BBBC8A96299C121C744EBDF25E85.f03t03|Laake et al. 2013]]


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===== mra =====

Ainda outro pacote para análises de marcação-recaptura.

  * [[http://dssm.unipa.it/CRAN/web/packages/mra/mra.pdf|PDF com descrição]]

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===== secr =====

O pacote foi desenvolvido para a construção de models de marcação-recaptura espacialmente explícitos. A descrição do pacote:

  * [[http://www.otago.ac.nz/density/pdfs/secr-overview.pdf|Efford Overview SECR]]

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===== wiqid =====

Pacote com várias análises populacionais e de comunidades. Descrição do pacote abaixo:

  * [[http://www.mikemeredith.net/blog/1401_Introducing_wiqid.htm|Overview wiqid]]

O blog do autor do pacote, Mike Meredith, também traz textos interessantes sobre diferentes análises e temas:

  * [[http://www.mikemeredith.net/|Blog do autor]]

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===== stocc =====

Modelos de ocupação espacialmente explícitos:

  * [[http://cran.r-project.org/web/packages/stocc/stocc.pdf|PDF com descrição]]

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===== detect =====

Outro pacote para modelos de ocupação com detecção imperfeita.

  * [[http://dcr.r-forge.r-project.org/qpad/QPAD_SupportingInfo.pdf]]
  * Lele, S.R., Moreno, M. & Bayne, E. 2011. Dealing with detection error in site occupancy surveys: What can we do with a single survey? //Journal of Plant Ecology//, 5(1), 22–31.
  * Solymos, P., Lele, S.R & Bayne, E. 2011. Conditional likelihood approach for analyzing single visit abundance survey data in the presence of zero inflation and detection error. //Environmetrics//, 23, 197–205.
  * Solymos, P., Matsuoka, S.M., Bayne, E.M., Lele, S.R., Fontaine, P., Cumming, S.G., Stralberg, D., Schmiegelow, F.K.A. & Song, S.J. 2013. Calibrating indices of avian density from non-standardized survey data: making the most of a messy situation. //Methods in Ecology and Evolution//, 4, 1047–1058. 

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===== WiSP =====

Pacote para simular populações, desenhos amostrais e estimar a abundância de populações fechadas simuladas. Você deve instalar o pacote a partir de um arquivo ZIP que pode ser baixado pelo site abaixo:

  * [[http://www.ruwpa.st-and.ac.uk/estimating.abundance/WiSP| Site]]
  * Borchers, D.L., Buckland, S.T. & Zucchini, W. 2010. //Estimating Animal Abundance: closed populations//. Springer-Verlag, London.