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--- roteiros:mark [2013/10/18 13:22] – leo
+++ roteiros:mark [2024/01/12 10:40] (atual) – edição externa 127.0.0.1
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-====== Introdução ao Mark ======
+====== Roteiro 1: primeira sessão no Mark ======
-{{:roteiros:mark.jpg?100  |}}
-O programa Mark é um dos programas mais completos para análises populacionais. Inclui uma grande variedade de modelos de marcação-recaptura e os principais modelos de ocorrência. Na página do programa ([[http://warnercnr.colostate.edu/~gwhite/mark/mark.htm|Link]]) você irá encontrar uma breve descrição dos modelos disponíveis, além de outras informações.
-Existe um fórum de discussão com diferentes tópicos, inclusive um sobre o programa Mark, além de outros. Lá você pode consultar dúvidas que outras pessoas tiveram ou postar suas próprias ([[http://www.phidot.org/forum/index.php|Link]]).
-Outra referência importante é o livro "Program MARK: A Gentle Introduction" ([[http://www.phidot.org/software/mark/docs/book/|Link]]). Apesar do "gentil" no título, o principal autor costuma chamá-lo de "o grande livro gordo", pois é quase do tamanho de uma bíblia. Aliás poderia ser chamado de a "bíblia do Mark". Está na sua 13a edição que inclui capítulos introdutórios e sobre os principais modelos encontrados no software.
-===== Roteiro: primeira sessão no Mark =====
 Após instalar o programa, vamos à nossa primeira sessão no Mark. Abra o programa e deverá aparecer a tela de abertura abaixo. No canto superior direito temos três botões sinalizados com o círculo vermelho: para criar uma nova análise (esquerda), abrir uma análise existente (centro) e abrir a ajuda do programa (direita). Primeiramente abra a ajuda do programa é explore seus tópicos. Depois vamos criar uma nova análise no Mark clicando no botão da esquerda ou na barra de menu clicando em "File" e depois "New".
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 {{ :roteiros:mark_modelos.jpg |Modelos}}
-Vamos escolher a opção "Occupancy estimation" (destacado em vermelho) para usar os modelo de ocorrência de uma espécie e uma estação (veja o próximo roteiro). Abrirá uma nova janela com diferentes parametrizações do modelo de ocorrência de uma espécie e uma estação. Vamos escolher o modelo mais simples "Occupancy estimation" (MacKenzie et al., 2003) e clique "OK". A janela vai desaparecer e agora vamos incorporar nossa planilha de dados ao programa.
+Vamos escolher a opção "Occupancy estimation" (destacado em vermelho) para usar os modelo de ocorrência de uma espécie e uma estação (veja o próximo roteiro). Abrirá uma nova janela com diferentes parametrizações do modelo de ocorrência de uma espécie e uma estação. Vamos escolher o modelo mais simples "Occupancy estimation" (MacKenzie et al., 2002) e clique "OK". A janela vai desaparecer e agora vamos incorporar nossa planilha de dados ao programa.
 {{ :roteiros:mark_occupancy.jpg |Occupancy}}
-Primeiramente escolha um nome para a análise no primeiro campo demarcado em vermelho. Após dar o nome, clique no botão destacado na caixa verde para escolher o arquivo com os dados, que neste caso conterá os históricos de detecções da espécie em cada sítio amostrado.
+Primeiramente escolha um nome para a análise no primeiro campo demarcado em vermelho. Após dar o nome, clique no botão destacado na caixa verde para escolher o arquivo com os dados, que neste caso conterá os históricos de detecções da espécie em cada sítio amostrado. Baixe o arquivo de dados {{:roteiros:exemplo_occorrencia.inp|aqui}}.
 {{ :roteiros:mark_arquivo.jpg |Arquivo}}
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 {{ :roteiros:mark_visitas.jpg |}}
-Clique em "OK". Uma nova janela irá abrir. Clique "OK" novamente. Desta vez o programa irá abrir na tela da matriz de indexação de parâmetros (PIM - Parameter Index Matrix). Agora que já escolhemos o modelo e incorporamos nossa tabela de dados ao programa, podemos começar a construir modelos a partir da PIM.
+Clique em "OK". Uma nova janela irá abrir dizendo que o programa criou um arquivo DBF com os resultados da análise. Clique "OK" novamente. Desta vez o programa irá abrir na tela da matriz de indexação de parâmetros (PIM - Parameter Index Matrix). Agora que já escolhemos o tipo de modelo e incorporamos nossa tabela de dados ao programa, podemos começar a construir variações do modelo a partir da PIM. Estas variações do modelo corresponderão às nossas hipóteses. Veja [[roteiros:modelos|aqui]] como construir diferentes modelos de ocupação.
+==== Referências bibliográficas ====
+  * MacKenzie, D.I., Nichols, J.D., Lachman, G.B., Droege, S., Royle, J.A. & Langtimm, C.A. 2002. Estimating site occupancy rates when detection probabilities are less than one. Ecology, 83(8): 2248-2255.