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apoio:exercicios [2017/10/09 04:58] – [Para fazer as simulações] pradoapoio:exercicios [2024/01/12 10:39] (atual) – edição externa 127.0.0.1
Linha 1: Linha 1:
 ====== Desafios ====== ====== Desafios ======
  
-Terminou a lista de exercícios? Aqui vão alguns problemas em aberto:+Alguns problemas em aberto para trabalhar em sala:
  
 ===== Coelhos na Austrália ===== ===== Coelhos na Austrália =====
Linha 60: Linha 60:
 {{https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/32/MuskOxen.jpg|Bois almiscarados em formação de defesa na Ilha de Nunivak, década de 1930.}} {{https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/32/MuskOxen.jpg|Bois almiscarados em formação de defesa na Ilha de Nunivak, década de 1930.}}
  
-No fim da última era glacial o boi almiscarado (//Ovibos moschatus//) ocorria no norte da Europa, Ásia, América do Norte e Groelândia. Por volta de 1920 só havia registros da espécie na Groelância e extremo norte do Canadá. Em 1935 um grupo de 31 indivíduos foi levado à ilha de [[http://www.adfg.alaska.gov/index.cfm?adfg=muskoxhunting.main|Nunivak]], no Alasca, para iniciar um estoque para reintrodução. A ilha não tinha predadores e facilitava o manejo da população. +No fim da última era glacial grandes manadas do boi almiscarado (//Ovibos moschatus//) se espalhavam pelo norte da Europa, Ásia, América do Norte e Groelândia. Por volta de 1920 restavam poucas populações na Groelância e extremo norte do Canadá. Em 1935 um grupo de 31 indivíduos foi levado à ilha de [[http://www.adfg.alaska.gov/index.cfm?adfg=muskoxhunting.main|Nunivak]], no Alasca, para iniciar um estoque para reintrodução. A ilha não tinha predadores e facilitava o manejo da população. 
  
 Neste exercício, adaptado de Akçakaya et al (1999), vamos avaliar alguns índices de viabilidade da população inicial, considerando os riscos criados pela estocasticidade demográfica e ambiental. Para isso vamos usar os seguintes parâmetros, calculados dos dados de Spencer & Lensik (1970): Neste exercício, adaptado de Akçakaya et al (1999), vamos avaliar alguns índices de viabilidade da população inicial, considerando os riscos criados pela estocasticidade demográfica e ambiental. Para isso vamos usar os seguintes parâmetros, calculados dos dados de Spencer & Lensik (1970):
Linha 68: Linha 68:
   * Desvio-padrão da taxa intríseca de crescimento: 0,08011615 /ano   * Desvio-padrão da taxa intríseca de crescimento: 0,08011615 /ano
   * Probabilidade de sobrevivência anual: 0,921   * Probabilidade de sobrevivência anual: 0,921
 +
 +
 +==== Para entender as simulações passo a passo====
 +
 +Copie o código abaixo em um script no R e acompanhe a explicação dos professores:
 +
 +<code>
 +## Tamanhos populacionais (Spencer & Lensik 1970, Tab 1)
 +Nobs <- c(31, 50, 76, 49, 57, 65, 61, 76, 77, 90, 100, 116, 126, 143, 181, 206, 256, 293, 353, 406, 467, 514, 569, 651, 714)
 +ano <- c(1936, 1938, 1942, 1947, 1948:1968)
 +plot(ano, Nobs)
 +## Calculo das taxas de crescimento
 +## Taxa de crescimento instrínseco
 +rh <- diff(log(Nobs)) / diff(ano)
 +## Taxa de crescimento discreto
 +Rh <- exp(rh)
 +## Media e desvio-padrao dos logs
 +(R.mu <- mean(log(Rh)))
 +(R.sd <- sd(log(Rh)))
 +## Histograma da taxas e logormal ajustada a elas
 +hist(Rh, prob=TRUE)
 +curve(dlnorm(x, meanlog = R.mu, sdlog = R.sd), add=TRUE)
 +
 +## Acertando parametros da simulacao
 +## Semente de numeros aleatorios
 +set.seed(4242)
 +## Tamanho inicial da população
 +N <- 31
 +## Probabilidade de sobrevivência (Akçakaia et al)
 +sobr <- 0.921
 +
 +## Aqui começa a simulação de um ano
 +## Sorteia um valor de taxa de crescimento anual
 +(R <- rlnorm(1, meanlog = R.mu, sdlog = R.sd))
 +## Fecundidade: diferenca entre a taxa de crescimento e a sobrevivencia
 +(pS <- sobr)
 +(pF <- R - pS)
 +## Numero de sobreviventes no ano seguinte
 +(Nv <- rbinom(1, size = N, prob = pS))
 +## Numero de filhotes
 +## Por sobrevivente
 +(ninhadas <- rpois(n = Nv, lambda = pF))
 +## Total de filhotes
 +(Nf <- sum(ninhadas))
 +## Total da populacao: sobreviventes + filhotes
 +(N <- Nv + Nf)
 +</code>
  
 ==== Para fazer as simulações ==== ==== Para fazer as simulações ====
  
-Para responder as perguntas use o modelo de crescimento a tempo discreto com estocasticidade demográfica e ambiental de Akçakaya et al (1999, capítulo 2). O arquivo abaixo têm as funções em R para simular dinâmicas populacionais de acordo com este modelo. Para usá-lo siga as instruções:+Para responder as perguntas vamos usar uma adaptação do modelo de crescimento a tempo discreto com estocasticidade demográfica e ambiental de Akçakaya et al (1999, capítulo 2). O arquivo abaixo têm as funções em R para simular dinâmicas populacionais de acordo com este modelo. Para usá-lo siga as instruções:
  
 == 1. Carregue as funções no R == == 1. Carregue as funções no R ==
Linha 180: Linha 227:
 ==== Questões ==== ==== Questões ====
  
-  - Faça um histograma da distribuição de tamanhos populacionais previstos pelo modelo após dois, oito e doze anos de introdução da população na ilha. +  - Faça um gráfico de probabilidade acumulada dos tamanhos populacionais mínimos previstos pelo modelo após cinco anos de introdução da população na ilha. Use este gráfico para estimar: 
-  - Calcule a probabilidade de extinção da população no primeiro e segundo ano após a introdução. +     - A probabilidade de extinção da população. 
-  - Calcule a probabilidade da população ter tamanho menor que o inicial no primeiro e segundo ano após a introdução. +     - A probabilidade do tamanho populacional ter caído abaixo do número inicial no período. 
-  - Faça um histograma de tamanhos populacionais mínimos nos doze primeiros anos após a introdução. +  - Faça uma análise de sensibilidade das duas probabilidades acima à variação dos parâmetros demográficos usados na simulação. Para isso, calcule a probabilidade de extinção em 12 anos variando os parâmetros em cinco a dez por cento por cento do valor original, para cima e para baixo. Faça variar um parâmetro por vez, mantendo os outros constantes. Use estes resultados para propor recomendações para um programa de reintrodução.
-  - Faça uma análise de sensibilidade da probabilidade de extinção à variação dos parâmetros demográficos usados na simulação. Para isso, calcule a probabilidade de extinção em 12 anos variando os parâmetros em dez por cento do valor original, para cima e para baixo. Faça variar um parâmetro por vez, mantendo os outros constantes. Use estes resultados para propor recomendações para um programa de reintrodução.+
  
 +==== Você é rápido com a teoria de biogeografia de ilhas?====
 +  * [https://goo.gl/forms/ulPLygU9bU8YzjeQ2|teste aqui]]
  
 ====Referências==== ====Referências====
   * Akçakaya, H. R., Burgman, M. A. & Guinzburg, L. R. 1999. Applied Population Ecology. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.   * Akçakaya, H. R., Burgman, M. A. & Guinzburg, L. R. 1999. Applied Population Ecology. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
   * Spencer, D.L. & Lensink, C.J. 1970. The muskox of Nunivak island, Alaska. The Journal of Wildlife Management, 1-15.   * Spencer, D.L. & Lensink, C.J. 1970. The muskox of Nunivak island, Alaska. The Journal of Wildlife Management, 1-15.
apoio/exercicios.1507525127.txt.gz · Última modificação: 2024/01/12 10:39 (edição externa)