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| mod1:mat_apoio:roteiros [2011/11/16 10:38] – adalardo | mod1:mat_apoio:roteiros [2024/01/11 15:21] (atual) – edição externa 127.0.0.1 |
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| /* [[mod1:mat_apoio:dinamica_matricial]] */ | /* [[mod1:mat_apoio:dinamica_matricial]] */ |
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| Veja roteiro em [[http://www.ecologiavirtual.com.br/doku.php?id=ecovirt:roteiros|EcoVirtual]] | Veja roteiro em [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:roteiros|EcoVirtual]] |
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| ==== I.2. Sensibilidade e Elasticidade ==== | ==== I.2. Sensibilidade e Elasticidade ==== |
| /* Roteiro[[mod1:mat_apoio:sensi]] */ | /* Roteiro[[mod1:mat_apoio:sensi]] */ |
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| Veja roteiro em [[http://www.ecologiavirtual.com.br/doku.php?id=ecovirt:roteiros|EcoVirtual]] | Veja roteiro em [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:roteiros|EcoVirtual]] |
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| /* Roteiro [[mod1:mat_apoio:denso_dep]] */ | /* Roteiro [[mod1:mat_apoio:denso_dep]] */ |
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| Veja roteiro em [[http://www.ecologiavirtual.com.br/doku.php?id=ecovirt:roteiros|EcoVirtual]] | Veja roteiro em [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:roteiros|EcoVirtual]] |
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| /* Roteiro [[mod1:mat_apoio:meta_chuva]] */ | /* Roteiro [[mod1:mat_apoio:meta_chuva]] */ |
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| Veja roteiro em [[http://www.ecologiavirtual.com.br/doku.php?id=ecovirt:roteiros|EcoVirtual]] | Veja roteiro em [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:meta_chuva|Chuva de Propágulos]] |
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| ==== II.2. Colonização Interna ==== | ==== II.2. Colonização Interna ==== |
| /* Roteiro [[mod1:mat_apoio:meta_inter]] */ | /* Roteiro [[mod1:mat_apoio:meta_inter]] */ |
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| Veja roteiro em [[http://www.ecologiavirtual.com.br/doku.php?id=ecovirt:meta_inter|Colonização Interna]] | Veja roteiro em [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:meta_inter|Colonização Interna]] |
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| ==== II.3. Efeito Resgate ==== | ==== II.3. Efeito Resgate ==== |
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| [[http://www.ecologiavirtual.com.br/doku.php?id=ecovirt:meta_resgate|Efeito Resgate]] | [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:meta_resgate|Efeito Resgate]] |
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| ==== II.4. Espacialmente Explicito ==== | ==== II.4. Espacialmente Explicito ==== |
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| Por sugestão do Vitor (aluno do diúrno) construímos um modelo espacialmente explícito, onde a probabilidade de colonização de cada mancha desocupada depende da sua distância média em relação a todas as manchas ocupadas. Desta forma o //i// no modelo varia para cada mancha, dependendo da sua posição em relação a todas as manchas ocupadas. Nesse modelo o $$p_i$$ é o máximo de probabilidade de colonização que a espécie irá experimentar quando a distância média for mínima. Esta é uma função que não foi testada ainda, aguardamos retorno para saber se e como funciona! Não temos ainda uma estimativa de qual será o equilíbrio do sistema e nem tampouco uma solução analítica para esse modelo. | Por sugestão do Vitor (aluno do diurno) construímos um modelo espacialmente explícito, em que a probabilidade de colonização de cada mancha desocupada depende da sua distância média em relação a todas as manchas ocupadas. Desta forma o //i// no modelo varia para cada mancha, dependendo da sua posição em relação a todas as manchas ocupadas. Nesse modelo o $$p_i$$ é o máximo de probabilidade de colonização que a espécie irá experimentar quando a distância média for mínima. Esta é uma função que não foi testada ainda, aguardamos retorno para saber se e como funciona! Não temos ainda uma estimativa de qual será o equilíbrio do sistema e nem tampouco uma solução analítica para esse modelo. |
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| /* Roteiro [[mod1:mat_apoio:meta_explicito]] */ | /* Roteiro [[mod1:mat_apoio:meta_explicito]] */ |
| Abaixo o //script//, ou código, das funções e comandos em R usados nestes exercícios de metapopulações. | Abaixo o //script//, ou código, das funções e comandos em R usados nestes exercícios de metapopulações. |
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| A extensão está como pdf, mas na realidade é um arquivo de texto simples. Para abrir deve salvar em seu computador e remover a extensão //pdf//, deixando a extensão //r//. Depois disso pode abrir em qualquer editor de texto (Word, Notepad, ou, preferência com o próprio editor do R) | * {{mod1:mat_apoio:metapop.r}} |
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| * {{mod1:mat_apoio:metapop.r.pdf}} | |
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| ===== III. Competição e Coexistência ===== | ===== III. Competição e Coexistência ===== |
| Nesta simulação acrescentamos uma espécie competitivamente inferior ao modelo de metapopulações com colonização interna. Descubra como fazer as duas espécies coexistirem. | Nesta simulação acrescentamos uma espécie competitivamente inferior ao modelo de metapopulações com colonização interna. Descubra como fazer as duas espécies coexistirem. |
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| /* Roteiro [[mod1:mat_apoio:coexist]] */ | Roteiro [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:compete|Competição]] |
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| /* Roteiro [[mod1:mat_apoio:rem_habitat]] */ | Roteiro [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:rem_habitat|Remoção de Habitat]] |
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| ===== IV. Estrutura de Comunidade de Plantas ===== | ===== IV. Estrutura de Comunidade de Plantas ===== |
| Comunidades virtuais estão na moda. Não poderíamos ficar de fora! Como a equipe da Ecologia Vegetal é antenada, vamos também montar nossa própria comunidade virtual. É realmente poderoso poder ser o detentor de uma comunidade própria e dar a ela as características que desejar, algo divino! Vamos construir comunidade vegetais virtuais baseadas nas ideias do "superorganismo" de Clementes (comunidades discretas) e pelo conceito individualístico de Gleason (comunidades sem limites claramente definidos). Essa é a primeira parte do nosso exercício. | Comunidades virtuais estão na moda. Não poderíamos ficar de fora! Como a equipe da Ecologia Vegetal é antenada, vamos também montar nossa própria comunidade virtual. É realmente poderoso poder ser o detentor de uma comunidade própria e dar a ela as características que desejar, algo divino! Vamos construir comunidade vegetais virtuais baseadas nas ideias do "superorganismo" de Clementes (comunidades discretas) e pelo conceito individualístico de Gleason (comunidades sem limites claramente definidos). Essa é a primeira parte do nosso exercício. |
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| [[http://www.ecologiavirtual.com.br/doku.php?id=ecovirt:estr_com] | [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:estr_com|Roteiro Comunidade Virtual]] |
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| {{:mod1:mat_apoio:whiskysociety.gif?150 |}} Os métodos de classificação agrupam objetos conforme a similaridade de seus atributos. Isso pode ser muito interessante para verificarmos se há conjuntos discretos de objetos mais similares, no nosso caso parcelas de plantas. Entretanto, o método pode ser usado também para outros fins nobres como classificar [[http://www.dcs.ed.ac.uk/home/jhb/whisky/lapointe/text.html/classification.html| whisky escocês single malt]]. Esse trabalho foi publicado na revista Appl. Statist. (1994) 43, No. 1, pp. 237-257, uma das mais conceituadas revistas na área de Matemática e Estatística, tendo como autor um dos mais renomados ecólogos da atualidade, [[http://www.bio.umontreal.ca/legendre/indexEn.html| Pierre Legendre]], da Universidade de Montreal no Canadá. Ele, junto com seu filho publicaram um dos livros que é referência para quem está interessado em métodos quantitativos em ecologia: "Numerical Ecology". Nosso exercício hoje é dedicado a ele. | {{:mod1:mat_apoio:whiskysociety.gif?150 |}} Os métodos de classificação agrupam objetos conforme a similaridade de seus atributos. Isso pode ser muito interessante para verificarmos se há conjuntos discretos de objetos mais similares, no nosso caso parcelas de plantas. Entretanto, o método pode ser usado também para outros fins nobres como classificar [[http://www.dcs.ed.ac.uk/home/jhb/whisky/lapointe/text.html/classification.html| whisky escocês single malt]]. Esse trabalho foi publicado na revista Appl. Statist. (1994) 43, No. 1, pp. 237-257, uma das mais conceituadas revistas na área de Matemática e Estatística, tendo como autor um dos mais renomados ecólogos da atualidade, [[http://www.bio.umontreal.ca/legendre/indexEn.html| Pierre Legendre]], da Universidade de Montreal no Canadá. Ele, junto com seu filho publicaram um dos livros que é referência para quem está interessado em métodos quantitativos em ecologia: "Numerical Ecology". Nosso exercício hoje é dedicado a ele. |
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| /* [[mod1:mat_apoio:class| Exercício Classificação]] */ | [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:dist_eucl| Exercício Classificação]] |
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| ==== IV.3. Ordenação ==== | ==== IV.3. Ordenação ==== |
| {{ :mod1:mat_apoio:multivar.jpg?300|}}Ordenação é um método de re-descrição dos dados multivariados de forma a apresentá-los em poucas dimensões, geralmente 2 ou 3, com minima perda de informação. Vamos usar um dos primeiros métodos de ordenação descritos a ordenação polar. Esse método foi desenvolvido por John Thomas Curtis e serviu como forma de revelar gradientes em seus estudos com comunidades de plantas em Wisconsin, considerados como evidências contra a teoria de comunidades como superorganismo de Clements. | {{ :mod1:mat_apoio:multivar.jpg?300|}}Ordenação é um método de re-descrição dos dados multivariados de forma a apresentá-los em poucas dimensões, geralmente 2 ou 3, com minima perda de informação. Vamos usar um dos primeiros métodos de ordenação descritos a ordenação polar. Esse método foi desenvolvido por John Thomas Curtis e serviu como forma de revelar gradientes em seus estudos com comunidades de plantas em Wisconsin, considerados como evidências contra a teoria de comunidades como superorganismo de Clements. |
| /* [[mod1:mat_apoio:ordena| Ordenação Polar]] */ | [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:ordena| Ordenação Polar]] |
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| {{:mod1:mat_apoio:odd-growth-forest.jpg?200 |}} | {{:mod1:mat_apoio:odd-growth-forest.jpg?200 |}} |
| O exercício de hoje vai abordar importantes temas relacionados a coexistência e estruturação de comunidades vegetais. Distúrbios foram considerados por muito tempo um fator exógeno e raro nos sistema naturais, mas hoje estão plenamente incorporados como um importante fator na organização das comunidades. Além disso, o estudo dos distúrbios adquiriu uma importância ainda mais relevante devido ao aumento da intensidade e frequência ocasionadas pela ação do homem. Após distúrbios, caso a resiliência do sistema não tenha sido afetada, as comunidades vegetais tendem a retornar a uma estruturação similar à que se encontravam antes do distúrbio, através do processo que chamamos de sucessão ecológica. Vamos abordar aqui as relações dos distúrbios e sucessão, focando a coexistência e demanda conflitante colonização/competição em modelos simples de dinâmica de comunidade. | O exercício de hoje vai abordar importantes temas relacionados a coexistência e estruturação de comunidades vegetais. Distúrbios foram considerados por muito tempo um fator exógeno e raro nos sistema naturais, mas hoje estão plenamente incorporados como um importante fator na organização das comunidades. Além disso, o estudo dos distúrbios adquiriu uma importância ainda mais relevante devido ao aumento da intensidade e frequência ocasionadas pela ação do homem. Após distúrbios, caso a resiliência do sistema não tenha sido afetada, as comunidades vegetais tendem a retornar a uma estruturação similar à que se encontravam antes do distúrbio, através do processo que chamamos de sucessão ecológica. Vamos abordar aqui as relações dos distúrbios e sucessão, focando a coexistência e demanda conflitante colonização/competição em modelos simples de dinâmica de comunidade. |
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| | *[[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:roteiros| Distúrbio e Sucessão]] |
| | *[[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:nicho_suc|Nicho Sucessional]] |
| | *[[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:tipo_suc|Tipo Sucessão]] |
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| ==== VI.1. Biogeografia de ilhas ==== | ==== VI.1. Biogeografia de ilhas ==== |
| {{:mod1:mat_apoio:anavilhanas.jpg?200 |http://viajeaqui.abril.com.br/vt/materias/vt_materia_451384.shtml}} | {{:mod1:mat_apoio:anavilhanas.jpg?200 |http://viajeaqui.abril.com.br/vt/materias/vt_materia_451384.shtml}} |
| Além da teoria neutra de evolução molecular de Motoo Kimura de 1968, Hubbell baseou-se fortemente na teoria de biogeografia de ilhas, elaborada por MacArthur e Wilson em 1967. A teoria de biogeografia de ilhas foi criada para explicar um padrão muito recorrente na natureza: a relação entre o número de espécies de um local e sua área. A teoria mais aceita até então, baseada na idéia de que cada espécie possui um nicho, dizia que ilhas maiores tinham maior riqueza de espécies porque continham maior diversidade de habitats. Já a teoria de MacArthur e Wilson diz que o número de espécies de uma ilha é determinado apenas pela taxa de extinção das espécies já presentes na ilha e pela taxa de imigração de espécies vindas do continente. Qual delas estará correta? | Além da teoria neutra de evolução molecular de Motoo Kimura de 1968, Hubbell baseou-se fortemente na teoria de biogeografia de ilhas, elaborada por MacArthur e Wilson em 1967. A teoria de biogeografia de ilhas foi criada para explicar um padrão muito recorrente na natureza: a relação entre o número de espécies que ocorrem em um local e sua área. A teoria mais aceita até então, baseada na idéia de que cada espécie possui um nicho, propunha que ilhas maiores tinham maior riqueza de espécies porque tinham maior diversidade de habitats. Já a teoria de MacArthur e Wilson propõe que o número de espécies de uma ilha é determinado apenas pela taxa de extinção das espécies já presentes na ilha e pela taxa de imigração de espécies vindas do continente. Qual delas estará correta? |
| [[mod1:mat_apoio:biogeo|Experimente a Biogeografia]] | [[mod1:mat_apoio:biogeo|Experimente a Biogeografia]] |
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| {{:mod1:mat_apoio:cartoon_unified_neutral_theory.jpg?200 |Todas espécies tem o mesmo nicho?}}Stephen Hubbell partiu da Teoria de Biogeografia de Ilhas e de sua vasta experiência com dinâmica de florestas tropicais para propor um processo simples de nascimentos e mortes que explicaria a grande diversidade nos trópicos. Conheça mais sobre a polêmica "Teoria Neutra Unificada da Biodiversidade e Biogeografia", para a qual qualquer espécie pode estar em qualquer lugar. | {{:mod1:mat_apoio:cartoon_unified_neutral_theory.jpg?200 |Todas espécies tem o mesmo nicho?}}Stephen Hubbell partiu da Teoria de Biogeografia de Ilhas e de sua vasta experiência com dinâmica de florestas tropicais para propor um processo simples de nascimentos e mortes que explicaria a grande diversidade nos trópicos. Conheça mais sobre a polêmica "Teoria Neutra Unificada da Biodiversidade e Biogeografia", para a qual qualquer espécie pode estar em qualquer lugar. |
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| [[mod1:mat_apoio:neutral| Exercício de Teoria Neutra]] | [[http://www.ecologiavirtual.com.br/backup/doku.php?id=ecovirt:neutr| Teoria Neutra da Biodiversidade]] |
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