Implementações em R dos algoritmo de Renshaw e também do algoritmo de Gillespie, com o pacote GilliespieSSA.

Fase 1 - Este código (renshaw_morte.r) é semelhante ao do processo de nascimento puro, porém aqui a população decresce. Falta acrescentar o resultado da replicação de 1000 simulações. É preciso transformar um código em uma função que faça isso.

Fase 2 - No código renshaw_morte2.r já dá para definir o número de replicações, que retorna o gráfico com as linhas de cada simulação e também os tempos de extinção para cada simulação. Assim, no código já tem a função de densidade (pdf) que o Renshaw deduziu (daquela diferenciação a partir da acumulada), o que permite fazer um diagnóstico visual do ajuste. Parece bom, aliás! Agora falta colocar um argumento de corte no tempo e arrumar para que neste valor, a função retorne os valores de N e checar se dá uma binomial. Talvez seja melhor fazer com a função SSA.

• renshaw_morte.r
  
• renshaw_morte2.r

Fase 1 - Código inicial para usar a função ssa do pacote GilliespieSSA. Corre uma simulação de dinâmica de pure death. Falta colocar numa função que repita isto para várias populações.
Fase 2 - Função pure_death_ssa2.r com o loop, o argumento de replicação é nrep. Na função, foi pedido que retorne os últimos valores de cada simulação, que é o tempo de extinção da população. Assim com a função de pdf do tempo de extinção deduzida pelo Renshaw dá para ver como está o ajuste.

• pure_death_ssa.r
  
• pure_death_ssa2.r

Calcula tempo de extinção de populações simu_morte.r

Calcula tempo de extinção de populações com a função ssa do pacote GilliespieSSA. pure_death_ssa_loop.r

~~DISCUSSION~~