Seminários: Teoria, Modelos e Simulações

<WRAP 45% rightalign>“Whoever wants to portray something that does not exist has to obey certain rules.”

M.C. Escher </WRAP>

Depto de Ecologia do IB-USP, sala 250 ou sala de Seminários.

Evelyn Keller é autora de uma análise profunda e rigorosa sobre as diferenças entre ciências exatas e biológicas. Para ela, são culturas epistemológicas radicalmente diferentes, cujo diálogo traz oportunidades tão grandes como riscos.

Ela desenvolve esta tese usando a história das teorias de embriogênese e biogênese no livro Making sense of life. Neste semestre vamos discutir alguns dos capítulos deste livro.

• 18/09: Prefácio, introdução e introdução da parte 1
• 16/10: capítulo 1
• 30/10: capítulo 2
• 13/11: capítulo 3
• 27/11: introdução à parte III e capítulo 8

Leitura e discussão de artigos clássicos da teoria ecológica.

Os artigos fazem parte da coletânea Foundations of Ecology: classic papers with commentaries - Leslie Real & James Brown, Chicago Univ Press.

As reuniões ocorrerão das 11:30 as 12:30 em geral às quintas, na sala de seminários do depto de Ecologia (250) seguidas de LET's lunch!

• 20/03 - Nature and Structure of the Climax. FE Clements - Journal of Ecology, 1936.
• 31/03 (segunda-feira) - The Individualistic Concept of the Plant Association. HA Gleason - Bulletin of the Torrey Botanical Club, 1926.
• 10/04 - Concluding Remarks: Animal Ecology and Demography. GE Hutchinson Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1957
• 30/04 - NÃO OCORREU
• 13/05 (terça-feira) The Population Consequences of Life History Phenomena. LC Cole - Quarterly Review of Biology, 1954.
• 29/05 - On Optimal Use of a Patchy Environment. RH MacArthur, ER Pianka - American Naturalist, 1966.
• 11/06 (quarta-feira) - Homage to Santa Rosalia; or, Why Are There So Many Kinds of Animals? GE Hutchinson - American naturalist, 1959.
• 14/08 - Community Structure, Population Control, and Competition. NG Hairston, FE Smith, LB Slobodkin - American Naturalist, 1960.
• 28/08 - Butterflies and Plants: A Study in Coevolution. PR Ehrlich, PH Raven - Evolution, 1964.

Leitura e discussão de capítulos selecionados do livro Big questions in ecology and evolution - Thomas Sherratt & David Wilkinson, alternado com O que aprendi, nova proposta do LET em que seus integrantes compartilham conhecimento sobre ferramentas bacanas de análise de dados.

As reuniões ocorrerão às quintas das 11:30 as 12:30, na sala de seminários do depto de Ecologia (250) seguidas de LET's lunch!

• 22/03 - Capítulo 1: Why do we age?
• 27/03 - O que aprendi: Modelos Generalizados Lineares com filogenia, por Sara Mortara
• 04/04 - Capítulo 2: Why sex?
• 11/04 - O que aprendi: análise de sobrevivência, Por Marcelo “D2” Awade.
• 18/04 Extra: 10h30 O que aprendi: Modelos Generalizados Lineares com filogenia, Sara Mortara
• 18/04 - Capítulo 3: Why cooperate?
• 25/04 - O que aprendi: pacote em R para modelos de distribuição de abundância de espécies, por Paulo Inácio
• 02/05 - Capítulo 4: Why species?
• 09/05 - O que aprendi: modelos populacionais multi-estados, por Leonardo Wedekin
• 16/05 - LETiro
• 23/05 - O que aprendi: Modelos HOF para análises de respostas não-monotônicas, por Gabriel Laporta
• 06/06 - Capítulo 5: Why are the tropics so diverse?
• 13/06 - O que aprendi: meta-análise, por Camila Castanho
• 20/06 - Capítulo 6: Is nature chaotic?
• 27/06 - O que aprendi: normalização de dados, por André Chalom

Leitura e discussão de capítulos selecionados do livro The theory of Ecology, Scheinner & Willing.

Quintas das 11h00 às 12h30, seguida de LET's lunch!

• 16/08, 11:00h: Capítulos 1 e 3 - A general theory of ecology e A general and unifying theory of ecology
• 30/08, 11:00h: Capítulo 2 - Theory makes ecology evolve
• 13/09, 11:00h: Capítulo 4 - Foraging theory
• 27/09, 11:00h: Capítulo 5 - Ecological niche theory
• 11/10, 11:00h: Capítulo 8 - The metacommunity concept and its theoretical underpinnings
• 25/10, 11:00h: Capítulo 11 - Theory of ecosystem ecology
• 08/11, 11:00h: Capítulo 12 - Perspectives on global change theory
• 22/11, 11:00h: Capítulo 13 - Ecological gradient theory: a framework for aligning data and models
• 06/12, 11:00h: Capitulo de síntese: The state of theory in ecology

Leitura e discussão de artigos científicos.

Os temas dos seminários neste semestre serão divididos em blocos, abordados em dois dias de discussão. Os blocos temáticos têm por assuntos e datas:

• Facilitação - 01/03 - 15/03
• Dispersão - 29/03 - 12/04
• Distribuição Espacial - 26/04 - 10/05
• Sistemas de acasalamento - 14/06 - 28/06

O objetivo neste semestre é abordar temas variados, alternando um artigo introdutório, seguido de um artigo empírico. O intuito é, além de discutir os artigos propostos, desenvolver em conjunto, a partir de modelos conceituais, modelos matemáticos ou computacionais.

às quintas das 10h30 às 12h00, seguida de LET's lunch!

• 01/03: Brooker et al. 2008 Facilitation in plant communities: the past, the present, and the future. Journal of Ecology.
• 15/03: Travis et al. 2005 The interplay of positive and negative species interactions across an environmental gradient: insights from an individual-based simulation model. Biology Letters.

• 29/03: Bowler & Benton 2005. Causes and consequences of animal dispersal strategies: relating individual behaviour to spatial dynamics
• 12/04: Zheng & Ovaskainen 2009. Modelling dispersal with diffusion and habitat selection: Analytical results for highly fragmented landscapes.

• 17/05: McGill 2011. Measuring the spatial structure of biodiversity. In: Biologycal Diversity, Magurran & McGill.
• 24/05: Barot et al. 1999. Demography of a savanna palm tree: predictions from comprehensive spatial pattern analyses.

• 14/06: Groos 1996. Alternative reproductive strategies and tactics: diversity within sexes

• 27/06: Alonzo & Warner 2000. Female choice, conflict between the sexes and the evolution of male alternative reproductive behaviours

Leitura, discussão e implementação em R das simulações propostas por Wilson (2000).

1. Estudo dos modelos propostos em cada capítulo do livro;
2. Implementar as simulações propostas em C no ambiente R;
3. Comparar os resultados com os obtidos pelo autor, e com as soluções analíticas.

• 23/08, 11h: Capítulo 1 - Introdução: Discussão do texto
• 06/09, 14h: Capítulo 1 - Introdução: Resultados dos códigos
• 27/09, 11h: Capítulo 2 - Imigração e emigração: Discussão do texto
• 04/10, 15h: Capítulo 2 - Imigração e emigração: Resultados dos códigos
• 18/10, 14h: Capítulo 3 - Nascimentos e mortes logístico: Discussão do texto
• 01/11, 14h: Capítulo 3 - Nascimentos e mortes logístico: Resultados dos códigos
• 22/11, 11h: Capítulo 5 - Competição: Discussão do texto
• 06/12, 14h: Capítulo 5 - Competição: Resultados dos códigos

• Crie um tópico para postar os códigos e resultados das simulações de cada capítulo
• Para criar novo tópico, que use o botão new blog entry.
• Discussão de um tópico já existente é feita clicando no link coments.
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blog:simulaC:

Modelos estocásticos e determinísticos de dinâmica populacional: leitura de Renshaw (1991) e simulação em R dos algoritmos propostos por este autor.

• 1 de março: Cap. 1 - Introductory remarks de Renshaw (1991)
• 15 de março: Cap.2, Seção 2.1. The pure birth process de Renshaw (1991)
• 29 de março: Primeiros resultados das simulações do item 2.1 de Renshaw (1991)
• 19 de abril: Cap.2, Seção 2.2. The pure death process de Renshaw (1991): discussão e simulações
• 26 de abril: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): leitura
• 10 de maio: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): leitura
• 24 de maio: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): simulações
• 07 de junho: Cap.2, Seção 2.4. The simple immigration-birth-death process de Renshaw (1991): leitura
• 31 de junho: Cap.2, Seção 2.4. The simple immigration-birth-death process de Renshaw (1991): simulações

• Crie um tópico para as simulações de cada seminário
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blog:simulabd:

<bibtex> @book{renshaw1991,

title={Modelling biological populations in space and time},
author={Renshaw, E.},
isbn={0521448557},
year={1991},
publisher={Cambridge University Press}

}

@article{Pineda-Krch:2008:JSSOBK:v25i12,

author =	"Mario Pineda-Krch",
title =	"GillespieSSA: Implementing the Gillespie Stochastic Simulation Algorithm in R",
journal =	"Journal of Statistical Software",
volume =	"25",
number =	"12",
pages =	"1--18",
day =  	"30",
month =	"4",
year = 	"2008",
CODEN =	"JSSOBK",
ISSN = 	"1548-7660",
bibdate =	"2008-02-01",
URL =  	"http://www.jstatsoft.org/v25/i12",
accepted =	"2008-02-01",
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keywords =	"",
submitted =	"2007-10-19",

} @book{wilson2000,

title={Simulating ecological and evolutionary systems in C},
author={Wilson, W.},
year={2000},
publisher={Cambridge University Press},
address={Cambridge},
url={http://www.biology.duke.edu/wilson/Book/}

}

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