====== Pure Death Process ======

Implementações em R dos algoritmo de Renshaw e também do algoritmo de Gillespie, com o pacote GilliespieSSA.

===Código com algoritmo do Renshaw, só para mortes ===
**Fase 1** - Este código (renshaw_morte.r) é semelhante ao do processo de nascimento puro, porém aqui a população decresce. Falta acrescentar o resultado da replicação de 1000 simulações. É preciso transformar um código em uma função que faça isso.\\

**Fase 2** - No código renshaw_morte2.r já dá para definir o número de replicações, que retorna o gráfico com as linhas de cada simulação e também os tempos de extinção para cada simulação. Assim, no código já tem a função de densidade (pdf) que o Renshaw deduziu (daquela diferenciação a partir da acumulada), o que permite fazer um diagnóstico visual do ajuste. Parece bom, aliás! Agora falta colocar um argumento de corte no tempo e arrumar para que neste valor, a função retorne os valores de N e checar se dá uma binomial. Talvez seja melhor fazer com a função SSA.  

  * {{:laporta:renshaw_morte.R|}} \\
  * {{:blog:simulabd:renshaw_morte2.r|}}

===Código com GilliespieSSA===
**Fase 1 -** Código inicial para usar a função ''ssa'' do pacote GilliespieSSA. Corre uma simulação de dinâmica de pure death. Falta colocar numa função que repita isto para várias populações.\\
**Fase 2 -** Função pure_death_ssa2.r com o loop, o argumento de replicação é nrep. Na função, foi pedido que retorne os últimos valores de cada simulação, que é o tempo de extinção da população. Assim com a função de pdf do tempo de extinção deduzida pelo Renshaw dá para ver como está o ajuste. 

  * {{:blog:simulabd:pure_death_ssa.r}}\\
  * {{:blog:simulabd:pure_death_ssa2.r|}}

=== Simulação de tempo de extinção ===
Calcula tempo de extinção de populações
{{:reservada:simu_morte.r|}}
=== Simulação de tempo de extinção com GilliespieSSA===
Calcula tempo de extinção de populações com a função ''ssa'' do pacote GilliespieSSA.
{{:laporta:pure_death_ssa_loop.r|}}

~~DISCUSSION~~