====== Seminários: Teoria, Modelos e Simulações ======
[[http://www.mcescher.com/|{{:lw422.jpg?250}}]]
//"Whoever wants to portray something that does not exist has to obey certain rules."//
[[http://www.mcescher.com/|M.C. Escher]]
\\
Depto de Ecologia do IB-USP, sala 250 ou sala de Seminários.
=====2014=====
====Segundo Semestre: Evelyn Keller====
[[http://en.wikipedia.org/wiki/Evelyn_Fox_Keller|Evelyn Keller]] é autora de uma análise profunda e rigorosa sobre as diferenças entre ciências exatas e biológicas. Para ela, são culturas epistemológicas radicalmente diferentes, cujo diálogo traz oportunidades tão grandes como riscos.
Ela desenvolve esta tese usando a história das teorias de embriogênese e biogênese no livro [[http://www.hup.harvard.edu/catalog.php?isbn=9780674012509|Making sense of life]]. Neste semestre vamos discutir alguns dos capítulos deste livro.
===Programação===
* 18/09: Prefácio, introdução e introdução da parte 1
* 16/10: capítulo 1
* 30/10: capítulo 2
* 13/11: capítulo 3
* 27/11: introdução à parte III e capítulo 8
====Primeiro Semestre: Clássicos da Ecologia====
Leitura e discussão de artigos clássicos da teoria ecológica.
Os artigos fazem parte da coletânea [[http://press.uchicago.edu/ucp/books/book/chicago/F/bo3613618.html|Foundations of Ecology: classic papers with commentaries]] - Leslie Real & James Brown, Chicago Univ Press.
As reuniões ocorrerão das 11:30 as 12:30 em geral às quintas, na sala de seminários do depto de Ecologia (250) seguidas de LET's lunch!
===Programação===
* **20/03** - Nature and Structure of the Climax. FE Clements - Journal of Ecology, 1936.
* **31/03 (segunda-feira)** - The Individualistic Concept of the Plant Association. HA Gleason - Bulletin of the Torrey Botanical Club, 1926.
* **10/04** - Concluding Remarks: Animal Ecology and Demography. GE Hutchinson Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1957
* **30/04** - **NÃO OCORREU**
* **13/05 (terça-feira)** The Population Consequences of Life History Phenomena. LC Cole - Quarterly Review of Biology, 1954.
* **29/05** - On Optimal Use of a Patchy Environment. RH MacArthur, ER Pianka - American Naturalist, 1966.
* **11/06 (quarta-feira)** - Homage to Santa Rosalia; or, Why Are There So Many Kinds of Animals? GE Hutchinson - American naturalist, 1959.
* **14/08 ** - Community Structure, Population Control, and Competition. NG Hairston, FE Smith, LB Slobodkin - American Naturalist, 1960.
* **28/08** - Butterflies and Plants: A Study in Coevolution. PR Ehrlich, PH Raven - Evolution, 1964.
=====2013=====
====Primeiro Semestre====
Leitura e discussão de capítulos selecionados do livro **//Big questions in ecology and evolution - Thomas Sherratt & David Wilkinson//**, alternado com **//O que aprendi//**, nova proposta do LET em que seus integrantes compartilham conhecimento sobre ferramentas bacanas de análise de dados.
As reuniões ocorrerão às quintas das 11:30 as 12:30, na sala de seminários do depto de Ecologia (250) seguidas de LET's lunch!
===Programação===
* **22/03** - Capítulo 1: //Why do we age?//
* **27/03** - O que aprendi: Modelos Generalizados Lineares com filogenia, por Sara Mortara
* **04/04** - Capítulo 2: //Why sex?//
* **11/04** - O que aprendi: análise de sobrevivência, Por Marcelo "D2" Awade.
* **18/04 Extra:** 10h30 O que aprendi: Modelos Generalizados Lineares com filogenia, Sara Mortara
* **18/04** - Capítulo 3: //Why cooperate?//
* **25/04** - O que aprendi: [[http://sads.r-forge.r-project.org/|pacote em R]] para modelos de distribuição de abundância de espécies, por Paulo Inácio
* **02/05** - Capítulo 4: //Why species?//
* **09/05** - O que aprendi: modelos populacionais multi-estados, por Leonardo Wedekin
* **16/05** - LETiro
* **23/05** - O que aprendi: [[http://cc.oulu.fi/~jarioksa/pages/hof2.htm|Modelos HOF]] para análises de respostas não-monotônicas, por Gabriel Laporta
* **06/06** - Capítulo 5: //Why are the tropics so diverse?//
* **13/06** - O que aprendi: meta-análise, por Camila Castanho
* **20/06** - Capítulo 6: //Is nature chaotic?//
* **27/06** - O que aprendi: normalização de dados, por André Chalom
=====2012=====
====Segundo Semestre====
Leitura e discussão de capítulos selecionados do livro **//The theory of Ecology//**, Scheinner & Willing.
===Programação===
Quintas das 11h00 às 12h30, seguida de LET's lunch!
* **16/08**, 11:00h: Capítulos 1 e 3 - //A general theory of ecology// e //A general and unifying theory of ecology//
* **30/08**, 11:00h: Capítulo 2 - //Theory makes ecology evolve//
* **13/09**, 11:00h: Capítulo 4 - //Foraging theory//
* **27/09**, 11:00h: Capítulo 5 - //Ecological niche theory//
* **11/10**, 11:00h: Capítulo 8 - //The metacommunity concept and its theoretical underpinnings//
* **25/10**, 11:00h: Capítulo 11 - //Theory of ecosystem ecology//
* **08/11**, 11:00h: Capítulo 12 - //Perspectives on global change theory//
* **22/11**, 11:00h: Capítulo 13 - //Ecological gradient theory: a framework for aligning data and models//
* **06/12**, 11:00h: Capitulo de síntese: //The state of theory in ecology//
====Primeiro Semestre====
Leitura e discussão de artigos científicos. \\
\\
Os temas dos seminários neste semestre serão divididos em blocos, abordados em dois dias de discussão. Os blocos temáticos têm por assuntos e datas:
* Facilitação - 01/03 - 15/03
* Dispersão - 29/03 - 12/04
* Distribuição Espacial - 26/04 - 10/05
* Sistemas de acasalamento - 14/06 - 28/06
===Objetivos===
O objetivo neste semestre é abordar temas variados, alternando um artigo introdutório, seguido de um artigo empírico. O intuito é, além de discutir os artigos propostos, desenvolver em conjunto, a partir de modelos conceituais, modelos matemáticos ou computacionais.
===Programação===
às quintas das 10h30 às 12h00, seguida de LET's lunch!
===Facilitação===
* **01/03**: Brooker et al. 2008 Facilitation in plant communities: the past, the present, and the future. Journal of Ecology.
* **15/03**: Travis et al. 2005 The interplay of positive and negative species interactions across an environmental gradient: insights from an individual-based simulation model. Biology Letters.
===Dispersão===
* **29/03**: Bowler & Benton 2005. Causes and consequences of animal dispersal strategies: relating individual behaviour to spatial dynamics
* **12/04**: Zheng & Ovaskainen 2009. Modelling dispersal with diffusion and habitat selection: Analytical results for highly fragmented landscapes.
===Distribuição espacial===
* **17/05**: McGill 2011. Measuring the spatial structure of biodiversity. In: Biologycal Diversity, Magurran & McGill.
* **24/05**: Barot et al. 1999. Demography of a savanna palm tree: predictions from comprehensive spatial pattern analyses.
===Sistemas de acasalamento===
* ** 14/06**: [[http://academic.reed.edu/biology/professors/srenn/pages/teaching/2010_syllabus/2010_readings/Gross_1996_strategies.pdf|Groos 1996. Alternative reproductive strategies and tactics: diversity within sexes]]
* ** 27/06**: [[http://elsinore.cis.yale.edu/eeb/alonzo/Alonzo_and_Warner_2000_EER.pdf|Alonzo & Warner 2000. Female choice, conflict between the sexes and the evolution of male alternative reproductive behaviours]]
=====2011=====
====Segundo Semestre====
Leitura, discussão e implementação em R das simulações propostas por [[http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=reservada:bib:start#w|Wilson (2000)]].
===Objetivos===
- Estudo dos modelos propostos em cada capítulo do livro;
- Implementar as simulações propostas em C no ambiente R;
- Comparar os resultados com os obtidos pelo autor, e com as soluções analíticas.
===Programação===
* **23/08, 11h**: Capítulo 1 - Introdução: Discussão do texto
* **06/09, 14h**: Capítulo 1 - Introdução: Resultados dos códigos
* **27/09, 11h**: Capítulo 2 - Imigração e emigração: Discussão do texto
* **04/10, 15h**: Capítulo 2 - Imigração e emigração: Resultados dos códigos
* **18/10, 14h**: Capítulo 3 - Nascimentos e mortes logístico: Discussão do texto
* **01/11, 14h**: Capítulo 3 - Nascimentos e mortes logístico: Resultados dos códigos
* **22/11, 11h**: Capítulo 5 - Competição: Discussão do texto
* **06/12, 14h**: Capítulo 5 - Competição: Resultados dos códigos
===Simulações===
* Crie um tópico para postar os códigos e resultados das simulações de cada capítulo
* Para criar novo tópico, que use o botão //new blog entry//.
* Discussão de um tópico já existente é feita clicando no link //coments//.
* Para ver, editar e comentar um tópico clique em //leia mais//, **com o botão direito**, para abrir em uma nova janela ou aba. EM seguida para editar o tópico ou algum comentário, use //Editar esta página//.
{{blog>blog:simulaC:?10}}
//
//
====Primeiro semestre====
Modelos estocásticos e determinísticos de dinâmica populacional: leitura de Renshaw (1991) e simulação em R dos algoritmos propostos por este autor.
===Programação===
* 1 de março: Cap. 1 - Introductory remarks de Renshaw (1991)
* 15 de março: Cap.2, Seção 2.1. The pure birth process de Renshaw (1991)
* 29 de março: Primeiros resultados das simulações do item 2.1 de Renshaw (1991)
* 19 de abril: Cap.2, Seção 2.2. The pure death process de Renshaw (1991): discussão e simulações
* 26 de abril: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): leitura
* 10 de maio: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): leitura
* 24 de maio: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): simulações
* 07 de junho: Cap.2, Seção 2.4. The simple immigration-birth-death process de Renshaw (1991): leitura
* 31 de junho: Cap.2, Seção 2.4. The simple immigration-birth-death process de Renshaw (1991): simulações
===Simulações===
* Crie um tópico para as simulações de cada seminário
* Para criar novo tópico, que use o botão //new blog entry//.
* Discussão de um tópico já existente é feita clicando no link //coments//.
* Para ver, editar e comentar um tópico clique em //leia mais//, **com o botão direito**, para abrir em uma nova janela ou aba. EM seguida para editar o tópico ou algum comentário, use //Editar esta página//.
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===== Referências =====
@book{renshaw1991,
title={Modelling biological populations in space and time},
author={Renshaw, E.},
isbn={0521448557},
year={1991},
publisher={Cambridge University Press}
}
@article{Pineda-Krch:2008:JSSOBK:v25i12,
author = "Mario Pineda-Krch",
title = "GillespieSSA: Implementing the Gillespie Stochastic Simulation Algorithm in R",
journal = "Journal of Statistical Software",
volume = "25",
number = "12",
pages = "1--18",
day = "30",
month = "4",
year = "2008",
CODEN = "JSSOBK",
ISSN = "1548-7660",
bibdate = "2008-02-01",
URL = "http://www.jstatsoft.org/v25/i12",
accepted = "2008-02-01",
acknowledgement = "",
keywords = "",
submitted = "2007-10-19",
}
@book{wilson2000,
title={Simulating ecological and evolutionary systems in C},
author={Wilson, W.},
year={2000},
publisher={Cambridge University Press},
address={Cambridge},
url={http://www.biology.duke.edu/wilson/Book/}
}