====== Seminários: Teoria, Modelos e Simulações ====== [[http://www.mcescher.com/|{{:lw422.jpg?250}}]] //"Whoever wants to portray something that does not exist has to obey certain rules."// [[http://www.mcescher.com/|M.C. Escher]] \\ Depto de Ecologia do IB-USP, sala 250 ou sala de Seminários. =====2014===== ====Segundo Semestre: Evelyn Keller==== [[http://en.wikipedia.org/wiki/Evelyn_Fox_Keller|Evelyn Keller]] é autora de uma análise profunda e rigorosa sobre as diferenças entre ciências exatas e biológicas. Para ela, são culturas epistemológicas radicalmente diferentes, cujo diálogo traz oportunidades tão grandes como riscos. Ela desenvolve esta tese usando a história das teorias de embriogênese e biogênese no livro [[http://www.hup.harvard.edu/catalog.php?isbn=9780674012509|Making sense of life]]. Neste semestre vamos discutir alguns dos capítulos deste livro. ===Programação=== * 18/09: Prefácio, introdução e introdução da parte 1 * 16/10: capítulo 1 * 30/10: capítulo 2 * 13/11: capítulo 3 * 27/11: introdução à parte III e capítulo 8 ====Primeiro Semestre: Clássicos da Ecologia==== Leitura e discussão de artigos clássicos da teoria ecológica. Os artigos fazem parte da coletânea [[http://press.uchicago.edu/ucp/books/book/chicago/F/bo3613618.html|Foundations of Ecology: classic papers with commentaries]] - Leslie Real & James Brown, Chicago Univ Press. As reuniões ocorrerão das 11:30 as 12:30 em geral às quintas, na sala de seminários do depto de Ecologia (250) seguidas de LET's lunch! ===Programação=== * **20/03** - Nature and Structure of the Climax. FE Clements - Journal of Ecology, 1936. * **31/03 (segunda-feira)** - The Individualistic Concept of the Plant Association. HA Gleason - Bulletin of the Torrey Botanical Club, 1926. * **10/04** - Concluding Remarks: Animal Ecology and Demography. GE Hutchinson Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1957 * **30/04** - **NÃO OCORREU** * **13/05 (terça-feira)** The Population Consequences of Life History Phenomena. LC Cole - Quarterly Review of Biology, 1954. * **29/05** - On Optimal Use of a Patchy Environment. RH MacArthur, ER Pianka - American Naturalist, 1966. * **11/06 (quarta-feira)** - Homage to Santa Rosalia; or, Why Are There So Many Kinds of Animals? GE Hutchinson - American naturalist, 1959. * **14/08 ** - Community Structure, Population Control, and Competition. NG Hairston, FE Smith, LB Slobodkin - American Naturalist, 1960. * **28/08** - Butterflies and Plants: A Study in Coevolution. PR Ehrlich, PH Raven - Evolution, 1964. =====2013===== ====Primeiro Semestre==== Leitura e discussão de capítulos selecionados do livro **//Big questions in ecology and evolution - Thomas Sherratt & David Wilkinson//**, alternado com **//O que aprendi//**, nova proposta do LET em que seus integrantes compartilham conhecimento sobre ferramentas bacanas de análise de dados. As reuniões ocorrerão às quintas das 11:30 as 12:30, na sala de seminários do depto de Ecologia (250) seguidas de LET's lunch! ===Programação=== * **22/03** - Capítulo 1: //Why do we age?// * **27/03** - O que aprendi: Modelos Generalizados Lineares com filogenia, por Sara Mortara * **04/04** - Capítulo 2: //Why sex?// * **11/04** - O que aprendi: análise de sobrevivência, Por Marcelo "D2" Awade. * **18/04 Extra:** 10h30 O que aprendi: Modelos Generalizados Lineares com filogenia, Sara Mortara * **18/04** - Capítulo 3: //Why cooperate?// * **25/04** - O que aprendi: [[http://sads.r-forge.r-project.org/|pacote em R]] para modelos de distribuição de abundância de espécies, por Paulo Inácio * **02/05** - Capítulo 4: //Why species?// * **09/05** - O que aprendi: modelos populacionais multi-estados, por Leonardo Wedekin * **16/05** - LETiro * **23/05** - O que aprendi: [[http://cc.oulu.fi/~jarioksa/pages/hof2.htm|Modelos HOF]] para análises de respostas não-monotônicas, por Gabriel Laporta * **06/06** - Capítulo 5: //Why are the tropics so diverse?// * **13/06** - O que aprendi: meta-análise, por Camila Castanho * **20/06** - Capítulo 6: //Is nature chaotic?// * **27/06** - O que aprendi: normalização de dados, por André Chalom =====2012===== ====Segundo Semestre==== Leitura e discussão de capítulos selecionados do livro **//The theory of Ecology//**, Scheinner & Willing. ===Programação=== Quintas das 11h00 às 12h30, seguida de LET's lunch! * **16/08**, 11:00h: Capítulos 1 e 3 - //A general theory of ecology// e //A general and unifying theory of ecology// * **30/08**, 11:00h: Capítulo 2 - //Theory makes ecology evolve// * **13/09**, 11:00h: Capítulo 4 - //Foraging theory// * **27/09**, 11:00h: Capítulo 5 - //Ecological niche theory// * **11/10**, 11:00h: Capítulo 8 - //The metacommunity concept and its theoretical underpinnings// * **25/10**, 11:00h: Capítulo 11 - //Theory of ecosystem ecology// * **08/11**, 11:00h: Capítulo 12 - //Perspectives on global change theory// * **22/11**, 11:00h: Capítulo 13 - //Ecological gradient theory: a framework for aligning data and models// * **06/12**, 11:00h: Capitulo de síntese: //The state of theory in ecology// ====Primeiro Semestre==== Leitura e discussão de artigos científicos. \\ \\ Os temas dos seminários neste semestre serão divididos em blocos, abordados em dois dias de discussão. Os blocos temáticos têm por assuntos e datas: * Facilitação - 01/03 - 15/03 * Dispersão - 29/03 - 12/04 * Distribuição Espacial - 26/04 - 10/05 * Sistemas de acasalamento - 14/06 - 28/06 ===Objetivos=== O objetivo neste semestre é abordar temas variados, alternando um artigo introdutório, seguido de um artigo empírico. O intuito é, além de discutir os artigos propostos, desenvolver em conjunto, a partir de modelos conceituais, modelos matemáticos ou computacionais. ===Programação=== às quintas das 10h30 às 12h00, seguida de LET's lunch! ===Facilitação=== * **01/03**: Brooker et al. 2008 Facilitation in plant communities: the past, the present, and the future. Journal of Ecology. * **15/03**: Travis et al. 2005 The interplay of positive and negative species interactions across an environmental gradient: insights from an individual-based simulation model. Biology Letters. ===Dispersão=== * **29/03**: Bowler & Benton 2005. Causes and consequences of animal dispersal strategies: relating individual behaviour to spatial dynamics * **12/04**: Zheng & Ovaskainen 2009. Modelling dispersal with diffusion and habitat selection: Analytical results for highly fragmented landscapes. ===Distribuição espacial=== * **17/05**: McGill 2011. Measuring the spatial structure of biodiversity. In: Biologycal Diversity, Magurran & McGill. * **24/05**: Barot et al. 1999. Demography of a savanna palm tree: predictions from comprehensive spatial pattern analyses. ===Sistemas de acasalamento=== * ** 14/06**: [[http://academic.reed.edu/biology/professors/srenn/pages/teaching/2010_syllabus/2010_readings/Gross_1996_strategies.pdf|Groos 1996. Alternative reproductive strategies and tactics: diversity within sexes]] * ** 27/06**: [[http://elsinore.cis.yale.edu/eeb/alonzo/Alonzo_and_Warner_2000_EER.pdf|Alonzo & Warner 2000. Female choice, conflict between the sexes and the evolution of male alternative reproductive behaviours]] =====2011===== ====Segundo Semestre==== Leitura, discussão e implementação em R das simulações propostas por [[http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=reservada:bib:start#w|Wilson (2000)]]. ===Objetivos=== - Estudo dos modelos propostos em cada capítulo do livro; - Implementar as simulações propostas em C no ambiente R; - Comparar os resultados com os obtidos pelo autor, e com as soluções analíticas. ===Programação=== * **23/08, 11h**: Capítulo 1 - Introdução: Discussão do texto * **06/09, 14h**: Capítulo 1 - Introdução: Resultados dos códigos * **27/09, 11h**: Capítulo 2 - Imigração e emigração: Discussão do texto * **04/10, 15h**: Capítulo 2 - Imigração e emigração: Resultados dos códigos * **18/10, 14h**: Capítulo 3 - Nascimentos e mortes logístico: Discussão do texto * **01/11, 14h**: Capítulo 3 - Nascimentos e mortes logístico: Resultados dos códigos * **22/11, 11h**: Capítulo 5 - Competição: Discussão do texto * **06/12, 14h**: Capítulo 5 - Competição: Resultados dos códigos ===Simulações=== * Crie um tópico para postar os códigos e resultados das simulações de cada capítulo * Para criar novo tópico, que use o botão //new blog entry//. * Discussão de um tópico já existente é feita clicando no link //coments//. * Para ver, editar e comentar um tópico clique em //leia mais//, **com o botão direito**, para abrir em uma nova janela ou aba. EM seguida para editar o tópico ou algum comentário, use //Editar esta página//. {{blog>blog:simulaC:?10}} // // ====Primeiro semestre==== Modelos estocásticos e determinísticos de dinâmica populacional: leitura de Renshaw (1991) e simulação em R dos algoritmos propostos por este autor. ===Programação=== * 1 de março: Cap. 1 - Introductory remarks de Renshaw (1991) * 15 de março: Cap.2, Seção 2.1. The pure birth process de Renshaw (1991) * 29 de março: Primeiros resultados das simulações do item 2.1 de Renshaw (1991) * 19 de abril: Cap.2, Seção 2.2. The pure death process de Renshaw (1991): discussão e simulações * 26 de abril: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): leitura * 10 de maio: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): leitura * 24 de maio: Cap.2, Seção 2.3. The simple linear birth and death process de Renshaw (1991): simulações * 07 de junho: Cap.2, Seção 2.4. The simple immigration-birth-death process de Renshaw (1991): leitura * 31 de junho: Cap.2, Seção 2.4. The simple immigration-birth-death process de Renshaw (1991): simulações ===Simulações=== * Crie um tópico para as simulações de cada seminário * Para criar novo tópico, que use o botão //new blog entry//. * Discussão de um tópico já existente é feita clicando no link //coments//. * Para ver, editar e comentar um tópico clique em //leia mais//, **com o botão direito**, para abrir em uma nova janela ou aba. EM seguida para editar o tópico ou algum comentário, use //Editar esta página//. {{blog>blog:simulabd:?10}} ===== Referências ===== @book{renshaw1991, title={Modelling biological populations in space and time}, author={Renshaw, E.}, isbn={0521448557}, year={1991}, publisher={Cambridge University Press} } @article{Pineda-Krch:2008:JSSOBK:v25i12, author = "Mario Pineda-Krch", title = "GillespieSSA: Implementing the Gillespie Stochastic Simulation Algorithm in R", journal = "Journal of Statistical Software", volume = "25", number = "12", pages = "1--18", day = "30", month = "4", year = "2008", CODEN = "JSSOBK", ISSN = "1548-7660", bibdate = "2008-02-01", URL = "http://www.jstatsoft.org/v25/i12", accepted = "2008-02-01", acknowledgement = "", keywords = "", submitted = "2007-10-19", } @book{wilson2000, title={Simulating ecological and evolutionary systems in C}, author={Wilson, W.}, year={2000}, publisher={Cambridge University Press}, address={Cambridge}, url={http://www.biology.duke.edu/wilson/Book/} }