Mas quais são as conseqüências disso para as espécies lá viventes?
Em primeiro lugar, a fragmentação limita o potencial de dispersão e colonização de uma determinada espécie. Os animais que lá vivem não mais podem andar livremente em busca de novas áreas, já que existe uma barreira que os impede de se deslocarem. Isso é válido também para sementes de plantas, que podem ser dispersas pelo vento ou por animais, especialmente os frugívoros. Um animal, ao tentar cruzar uma área livre, pode aumentar e muito suas chances de ser predado.
A capacidade de forrageamento dos animais também é comprometida. Muitos animais alimentam-se e buscam recursos em locais diferentes de acordo com o período do ano, e, para isso, precisam deslocar-se livremente. A fragmentação de habitats impede esse deslocamento, comprometendo essa capacidade que é fundamental para a sobrevivência da espécie. A busca por parceiros para o acasalamento e a polinização também ficam seriamente comprometidas.
Assim, a fragmentação de habitats leva ao surgimento de duas ou mais sub-populações de uma espécie, limitadas a uma área restrita; aumenta-se as chances de acontecer endocruzamento. Dessa forma, é possível que, com o tempo, as populações entrem em extinção.
Outra conseqüência da fragmentação de habitats são os efeitos de borda. As condições climáticam tendem a modificar drasticamente nesses locais. Nas bordas de uma floresta fragmentada, por exemplo, luz e temperatura aumentam, resultando em solos mais quentes durante o dia, mais frios durante a noite, e, especialmente, menos úmidos. Essas mudanças interferem no crescimento de plantas e de animais que mais dependem de umidade. A incidência de vento também aumenta, provocando estresse em plantas: folhas e galhos são perdidos, e as plantas ficam expostas a um solo seco. A umidade do ar diminui e a folha perde mais água por transpiração.

Animação: Esquema simples de uma fragmentação de habitat
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Todas essas mudanças microclimáticas proporcionam um ambiente mais suscetível a queimadas, que podem prejudicar ainda mais os pequenos fragmentos.
Por fim, uma área de borda maior propicia uma maior colonização de espécies exóticas nesse ambiente, que competem com as nativas e podem até extingui-las.