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Curso IBUSP

  • Em 2019 o curso será oferecido presencialmente entre os dias 13 a 31 de maio. A primeira semana de junho (dias 3 a 7) é dedicada ao atendimento aos alunos para orientações e dúvidas sobre o trabalho final.
  • Veja informações sobre matricula antes de consultar os professores

Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina, ministrada no Instituto de Biociências da USP.

Atividades Preparatórias
Faça as atividades preparatórias até antes do início das aulas

Matricula Veja informações em: matricula.

Informações Gerais

Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo

Professor Responsável

Professores Colaboradores

Colaboração

  • Andre Chalom (notaR)
  • Danilo Muniz
  • Melina Leite
  • Bruno Travassos

Monitores

  1. Bruna Cassettari
  2. Débora Brandt
  3. Diogo Melo
  4. Eduarda Romanini
  5. Felipe Campos
  6. Gustavo Ballen
  7. Jennifer Auler
  8. Julia Barreto
  9. Lucas Nascimento
  10. Lucas Freitas
  11. Lucas Roedel
  12. Lucas Camacho
  13. Pamela Santana
  14. Rafael Melhem
  15. Renan Del Bel
  16. Vitor Aguiar
  17. Vitor Rios
  18. Vinicius Montagner

Período e Horários

  • Disciplina condensada, 13 a 31 de maio de 2019.
  • Aulas teóricas segunda, quartas e sextas pelas manhãs, 9:00-12:30 horas.
  • Exercícios práticos segundas, quartas e sextas 14:00-18:00 horas.
  • Atendimento online pelo forum terças e quintas, 9:00-18:00 horas.

Locais das aulas

  • Manhãs: Auditório 2 - Centro Didático 1)
  • Tardes: Sala Multimídia - Centro Didático

Salas do Instituto de Biociências - Universidade de São Paulo

Veja como chegar.

Traga um notebook com o R instalado veja as atividades preparatórias.

Para os alunos de fora da USP que não tem senha de acesso à USPNet informe-se com um dos monitores.

Programação

  • Faça as Atividades Preparatórias antes do primeiro dia de aula.
  • A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios com o apoio dos monitores.
  • Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo Forum online.
Primeira Semana
Data Período Local Assunto Instrutor(es)
13/05 9:00-10:30 Auditório 2 Filosofia e histórico da linguagem R Professores
13/05 11:00-12:30 Auditório 2I Introdução à linguagem R Alexandre
13/05 14:00-15:30Anatomia Tira Dúvidas das atividades preparatórias Professores e monitores
13/05 16:00-18:00 Sala multimídia CD Tutorial de Funções Matemáticas Monitores
14/05 9:00-18:00 Forum online Plantão funções Matemáticas Monitores & Professores
16/05 9:00-10:30 Auditório 2Dúvidas Funções Matemáticas Professores
16/05 11:00-12:30 Auditório 2 Leitura e Manipulação de Dados Alexandre
16/05 14:00-18:00 Sala multimídia CD Tutorial Manipulação de Dado Monitores
17/05 9:00-12:30 AG Zoologia Análise Exploratória de Dados Professores
17/05 14:00-16:00 Sala multimídia CD Tutorial Análise Exploratória de Dados Monitores & Professores
Segunda Semana
20/05 9:00-9:30 Auditório 2Tira Dúvidas Professores
20/05 9:30-12:30Auditório 2GráficosAlexandre
20/05 14:00-18:00 Anatomia - Multimídea 2 Tutorial Gráficos Monitores
22/05 9:00-12:30Auditório 2 Teste de Hipótese Alexandre
22/05 14:00-18:00 Sala multimídia CD Teste de Hipótese Monitores
24/05 9:00-9:30 AG - Zoologia Tira Dúvidas Teste de Hipótese Professores
24/05 9:30-12:30 AG - Zoologia Regressão Linear Alexandre
24/05 14:00-18:00 Sala multimídia CD Tutorial Regressão Linear Monitores
Terceira Semana
27/05 9:00-12:30Auditório 2 Regressão Linear II Professores
27/05 14:00-18:00 Anatomia - Multimídia II Tutorial Regressão Linear II Monitores
29/05 9:00-12:30Auditório 2Simulação e Permutação Alexandre
29/05 14:00-18:00 Anatomia - Multimídia II tutorial Simulação e Permutação Professores
31/05 9:00-12:30AG da ZoologiaNoções de Programação em Linguagem R: construção de funções simples Professores
31/05 14:00- 18:00 Sala multimídia CD Tutorial Programação Monitores

Bibliografia Básica

A quantidade de material disponível sobre programação em R é muito extensa. Aqui apresentamos uma compilação da documentação oficial que consideramos mais importante e algumas fontes que avaliamos ser mais interessante.

Para os que acompanham cursos online, indicamos o curso de programação em R no Coursera oferecido pela Johns Hopkins University.

Há também um interessante curso interativo on line chamado TryR.

Livros

William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002. Conhecido na comunidade R como “The Book”, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o MASS2), que faz parte da instalação básica do R. Visite o site do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002. Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, car, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o site do livro.

John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005. Derivado de manual disponível gratuitamente no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o site do livro, e o pacote usingR.

Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007. Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o site do livro.

Documentação On Line

NOTA: Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção Contributed Documentation do site do R.

Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team An Introduction to R. Manual online. Manual oficial de introdução ao R.

Carlos Alzola and Frank E. Harrell An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

Petra Kuhnert and Bill Venables An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing. Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

Veja também

Duas dicas do monitor Vitor Rios:

  • Beginner's guide to R - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online ComputerWorld. Um guia compacto sobre tópicos básicos.
  • Advanced R. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do publico alvo, pelo autor: “The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language.”

Outros Recursos

  • TryR: Sistema online interativo de aprendizagem da linguagem R, nos moldes do Codecademy e W3School.
  • Taskviews: São listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no CRAN3). Para nossa área, p.ex, há os views Environmetrics, Multivariate, Genetics, Spatial. Todo espelho de CRAN mantém uma cópia dos taskviews. Para o espelho da FMV-USP o link é http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/.
  • CRANTASTIC!: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do CRAN4). Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as taskviews, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R.
  • The R Journal: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
  • Journal of Statistical Software: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre uso do R em ecologia, e outro sobre análises de redes (com ênfase para dados de ciências sociais).
  • Quick R, de Rob Kabakoff: um guia rápido on line muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
  • The R Wikibook: manual muito completo na coleção de Wiki Books.
1) sextas-feiras: Auditório Geral da Zoologia
2) este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN
3) , 4) Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R
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